More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2895 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 382 aa  780    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.49 
 
 		 406 aa  289  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.89 
 
 		 420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  41.94 
 
 		 417 aa  275  6e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2733  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.82 
 
 		 432 aa  270  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  40.98 
 
 		 396 aa  269  5.9999999999999995e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  40.6 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.44 
 
 		 397 aa  264  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.39 
 
 		 401 aa  240  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.94 
 
 		 387 aa  236  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.89 
 
 		 397 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.634259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.12 
 
 		 381 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  36.26 
 
 		 381 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.99 
 
 		 381 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.54 
 
 		 397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.43 
 
 		 391 aa  176  4e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.69 
 
 		 393 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 		 404 aa  157  3e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.3 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.09 
 
 		 388 aa  152  7e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.38 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.94 
 
 		 379 aa  150  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.97 
 
 		 388 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  33.63 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.21 
 
 		 403 aa  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.88 
 
 		 377 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  32.53 
 
 		 377 aa  144  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  35.26 
 
 		 389 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.81 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  34.72 
 
 		 380 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  31.93 
 
 		 392 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  32.43 
 
 		 388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  31.37 
 
 		 377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.72 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  34.44 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.53 
 
 		 377 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  34.44 
 
 		 380 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  34.44 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.07 
 
 		 397 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.15 
 
 		 388 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  34.72 
 
 		 380 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.87 
 
 		 376 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  34.29 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  32.53 
 
 		 377 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  32.53 
 
 		 377 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.51 
 
 		 388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  35 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  32.51 
 
 		 388 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.71 
 
 		 376 aa  136  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  32.01 
 
 		 527 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  31.97 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.82 
 
 		 377 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  32.22 
 
 		 398 aa  132  9e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.03 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  30.81 
 
 		 390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.41 
 
 		 433 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  32.13 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.32 
 
 		 376 aa  126  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  33.23 
 
 		 390 aa  124  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  29.14 
 
 		 400 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  33.92 
 
 		 387 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  32.52 
 
 		 388 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.49 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  30.98 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  30.79 
 
 		 387 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  31.88 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  30.86 
 
 		 547 aa  117  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.7 
 
 		 458 aa  117  3.9999999999999997e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  32.16 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  31.23 
 
 		 391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  32.16 
 
 		 387 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  31.42 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  31.59 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  31.51 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.09 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  31.49 
 
 		 387 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  32.34 
 
 		 359 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 		 391 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  30.14 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  31.85 
 
 		 387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  30.6 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  30.6 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.86 
 
 		 391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  31.25 
 
 		 387 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  31.55 
 
 		 387 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  30.6 
 
 		 391 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  31.55 
 
 		 371 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  30.95 
 
 		 387 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  29.11 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.24 
 
 		 392 aa  107  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  29.07 
 
 		 391 aa  106  7e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  30.95 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  31.23 
 
 		 421 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>