More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2547 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 397 aa  826    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  38.46 
 
 		 417 aa  221  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.54 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.57 
 
 		 397 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.95 
 
 		 401 aa  206  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.65 
 
 		 397 aa  199  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.634259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.56 
 
 		 406 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.38 
 
 		 420 aa  193  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  33.81 
 
 		 396 aa  192  9e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  33.52 
 
 		 400 aa  190  5e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  34.49 
 
 		 381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.2 
 
 		 381 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.2 
 
 		 381 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.41 
 
 		 387 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2733  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.36 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.95 
 
 		 391 aa  142  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  30.08 
 
 		 387 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  29.43 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  29.43 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  29.68 
 
 		 387 aa  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  27.2 
 
 		 389 aa  130  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.46 
 
 		 393 aa  129  6e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  30.4 
 
 		 391 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  30.08 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  28.57 
 
 		 388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  30.4 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  30.4 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  30 
 
 		 391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  30.28 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  30.28 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  30.13 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.67 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  29.87 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  29.87 
 
 		 391 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  29.87 
 
 		 391 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.83 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  29.87 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  29.74 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  30.03 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  28.49 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  28.68 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  29.22 
 
 		 391 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  28.23 
 
 		 387 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.72 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  27.96 
 
 		 371 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.11 
 
 		 376 aa  123  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  27.88 
 
 		 392 aa  122  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  27.96 
 
 		 387 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.09 
 
 		 403 aa  123  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  30.32 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.75 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.23 
 
 		 404 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  29.78 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.85 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  29.36 
 
 		 377 aa  120  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  28.23 
 
 		 387 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.57 
 
 		 386 aa  119  7e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  27.69 
 
 		 387 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.58 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.35 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.81 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.91 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.99 
 
 		 388 aa  117  5e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.99 
 
 		 388 aa  117  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 		 391 aa  116  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.87 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  29.12 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  30.61 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.97 
 
 		 392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.72 
 
 		 376 aa  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  29.43 
 
 		 390 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.36 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  28.81 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  29.65 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  28.53 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  29.09 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  29.01 
 
 		 377 aa  110  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.32 
 
 		 379 aa  109  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.98 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  28.53 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  29.59 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.53 
 
 		 433 aa  107  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  27.25 
 
 		 458 aa  106  6e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.34 
 
 		 388 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  29.46 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  28.85 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  26.32 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  27.94 
 
 		 400 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.47 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 417 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  31.33 
 
 		 421 aa  102  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.75 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.2 
 
 		 388 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  27.75 
 
 		 388 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  27.22 
 
 		 392 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  28.94 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  27.69 
 
 		 414 aa  99.4  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.18 
 
 		 377 aa  98.6  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  28.77 
 
 		 417 aa  98.6  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>