More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0858 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  100 
 
 
350 aa  713  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.47952e-11  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  69.86 
 
 
474 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  60.62 
 
 
433 aa  436  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  2.39959e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  71.08 
 
 
356 aa  428  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  66.24 
 
 
360 aa  425  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  3.31512e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  70.82 
 
 
356 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  3.54786e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  56.04 
 
 
326 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  4.23948e-06  unclonable  7.94083e-06 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  47.13 
 
 
321 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  6.32175e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.07 
 
 
389 aa  282  6e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  50.34 
 
 
357 aa  279  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.62 
 
 
322 aa  266  6e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.62 
 
 
322 aa  266  6e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  48.28 
 
 
322 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  48.16 
 
 
307 aa  255  9e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.08 
 
 
307 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.35 
 
 
307 aa  244  2e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  46.35 
 
 
307 aa  244  2e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  47.25 
 
 
306 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.35 
 
 
285 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  46.84 
 
 
285 aa  231  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  6.89788e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.6 
 
 
279 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.32969e-15  hitchhiker  8.16438e-08 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.53 
 
 
300 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.53 
 
 
300 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.53 
 
 
300 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.08 
 
 
340 aa  226  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.33 
 
 
284 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  41.4 
 
 
295 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  43.96 
 
 
296 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  43.01 
 
 
299 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
299 aa  221  1e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.8 
 
 
280 aa  219  4e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.20203e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  43.54 
 
 
298 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  43.54 
 
 
298 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  43.59 
 
 
295 aa  216  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  43.7 
 
 
300 aa  215  9e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.27 
 
 
292 aa  214  1e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
308 aa  214  1e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  41.03 
 
 
300 aa  214  2e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
301 aa  214  2e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.44 
 
 
298 aa  214  2e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.34 
 
 
299 aa  213  4e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.05 
 
 
280 aa  213  4e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  4.46037e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.26 
 
 
286 aa  212  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
297 aa  212  9e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
301 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  42.76 
 
 
303 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
297 aa  210  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
297 aa  210  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  41.11 
 
 
295 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.97 
 
 
282 aa  209  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  39.27 
 
 
298 aa  208  9e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  41.22 
 
 
297 aa  208  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  43.02 
 
 
303 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.86 
 
 
303 aa  207  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 
300 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  42.28 
 
 
296 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.49 
 
 
299 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  40.79 
 
 
299 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
299 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  43.02 
 
 
303 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
299 aa  207  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  41.91 
 
 
296 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
299 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.16 
 
 
302 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  40.51 
 
 
299 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  42.34 
 
 
301 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  40.51 
 
 
299 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  8.66831e-06 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
302 aa  202  1e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  41.97 
 
 
299 aa  200  2e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  41.47 
 
 
281 aa  200  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.07 
 
 
285 aa  199  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  3.87324e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
303 aa  199  5e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  37.3 
 
 
291 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.71 
 
 
290 aa  199  8e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.07256e-06  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.01 
 
 
298 aa  197  2e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
283 aa  196  4e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  41.2 
 
 
299 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.13 
 
 
286 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.13 
 
 
286 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  7.36942e-05 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  39.48 
 
 
285 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.79676e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  39.55 
 
 
288 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  39.55 
 
 
288 aa  193  4e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  42.38 
 
 
281 aa  192  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  40.82 
 
 
282 aa  190  3e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  37.7 
 
 
311 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.32 
 
 
321 aa  189  6e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  38.81 
 
 
285 aa  189  6e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  39.13 
 
 
297 aa  189  7e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  39.19 
 
 
306 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.78 
 
 
311 aa  189  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.51 
 
 
287 aa  189  7e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.5 
 
 
313 aa  188  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.81173e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
277 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  40.56 
 
 
329 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  41.26 
 
 
293 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  37.27 
 
 
280 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  38.41 
 
 
288 aa  186  4e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  2.19279e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  36.4 
 
 
285 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.47348e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.5 
 
 
313 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.27 
 
 
289 aa  185  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>