201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2787 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  53.14 
 
 		 643 aa  659    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  52.87 
 
 		 638 aa  677    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  49.21 
 
 		 658 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  72.18 
 
 		 737 aa  1134    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  52.39 
 
 		 634 aa  655    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  54.84 
 
 		 726 aa  828    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  49.21 
 
 		 644 aa  651    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  49.92 
 
 		 658 aa  647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  52.07 
 
 		 635 aa  674    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  59.29 
 
 		 732 aa  938    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 732 aa  1524    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  52.94 
 
 		 636 aa  674    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  52.08 
 
 		 707 aa  670    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  49.21 
 
 		 642 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  51.18 
 
 		 632 aa  660    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  60.35 
 
 		 738 aa  947    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  48.42 
 
 		 646 aa  649    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  50.47 
 
 		 647 aa  658    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 590 aa  153  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  29.02 
 
 		 715 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0533  radical SAM domain protein  56.31 
 
 		 138 aa  127  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  23.52 
 
 		 503 aa  125  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 500 aa  124  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  26.21 
 
 		 502 aa  112  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  30.36 
 
 		 429 aa  107  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 		 531 aa  101  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 716 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2019  Radical SAM domain protein  22.67 
 
 		 525 aa  95.5  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0788272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 705 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 565 aa  92  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 		 494 aa  90.9  8e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 		 494 aa  90.5  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  24.34 
 
 		 634 aa  86.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  22.67 
 
 		 630 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.74 
 
 		 534 aa  85.5  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 529 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 		 567 aa  83.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 459 aa  81.6  0.00000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.63 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.63 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 520 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  24.13 
 
 		 623 aa  79  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  24.54 
 
 		 518 aa  78.2  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.31 
 
 		 535 aa  77.8  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.07 
 
 		 864 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.43 
 
 		 546 aa  75.1  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.39 
 
 		 547 aa  74.3  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.68 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 		 521 aa  73.9  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 502 aa  72.8  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  22.99 
 
 		 486 aa  73.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  22.98 
 
 		 471 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.55 
 
 		 546 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  26.06 
 
 		 488 aa  72  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  30.96 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.06 
 
 		 545 aa  70.5  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.58 
 
 		 527 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.53 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  22.61 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.94 
 
 		 548 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  23.15 
 
 		 486 aa  68.2  0.0000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.53 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 		 524 aa  67.8  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.38 
 
 		 546 aa  67.8  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  22.54 
 
 		 490 aa  67.8  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.94 
 
 		 681 aa  67.4  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  23.78 
 
 		 548 aa  67  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 		 620 aa  66.6  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  23.95 
 
 		 539 aa  67  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 		 488 aa  66.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  23.15 
 
 		 469 aa  66.2  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.51 
 
 		 528 aa  66.6  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.74 
 
 		 479 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.25 
 
 		 546 aa  65.5  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.74 
 
 		 479 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 		 426 aa  65.5  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.14 
 
 		 675 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.22 
 
 		 476 aa  64.3  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  23.4 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  26.41 
 
 		 598 aa  64.3  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 562 aa  64.3  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.29 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.59 
 
 		 1250 aa  63.9  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  23.06 
 
 		 488 aa  63.5  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 		 506 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  23.17 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.37 
 
 		 583 aa  63.2  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  22.06 
 
 		 520 aa  62.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 473 aa  63.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  23.69 
 
 		 487 aa  62.4  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  20.06 
 
 		 459 aa  61.6  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  21.12 
 
 		 540 aa  60.1  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  21.93 
 
 		 484 aa  60.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.61 
 
 		 520 aa  60.1  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 576 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 576 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  21.75 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>