More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1999 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 506 aa  1053    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  32.05 
 
 		 460 aa  234  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  30.77 
 
 		 467 aa  223  8e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  32.37 
 
 		 461 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 		 424 aa  221  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  33.1 
 
 		 424 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  31.31 
 
 		 426 aa  213  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  30.9 
 
 		 467 aa  208  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 462 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 459 aa  203  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  29.88 
 
 		 451 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 461 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 488 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 487 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 471 aa  107  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 		 529 aa  106  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.1 
 
 		 484 aa  104  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.33 
 
 		 441 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.33 
 
 		 441 aa  103  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  24.05 
 
 		 462 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.8 
 
 		 487 aa  101  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 559 aa  98.6  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 		 539 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  27.64 
 
 		 488 aa  97.8  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  24.43 
 
 		 425 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.69 
 
 		 470 aa  95.9  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 559 aa  94.7  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  23.41 
 
 		 563 aa  93.6  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.5 
 
 		 468 aa  93.6  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  22.65 
 
 		 1250 aa  92.4  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.47 
 
 		 567 aa  90.5  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  22.79 
 
 		 458 aa  90.1  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 		 459 aa  89.4  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  24.69 
 
 		 461 aa  88.6  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.5 
 
 		 494 aa  87.8  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.5 
 
 		 494 aa  87.8  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  24.39 
 
 		 552 aa  87.4  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  22.27 
 
 		 556 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.66 
 
 		 512 aa  86.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 494 aa  85.9  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25.62 
 
 		 864 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  25.76 
 
 		 501 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  23.57 
 
 		 618 aa  84.7  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 		 546 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.98 
 
 		 554 aa  84  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.9 
 
 		 484 aa  83.6  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  22.08 
 
 		 444 aa  83.6  0.000000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 494 aa  83.6  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.68 
 
 		 546 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  23.81 
 
 		 495 aa  82.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  21.61 
 
 		 524 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.35 
 
 		 546 aa  80.9  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.42 
 
 		 546 aa  80.9  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  22.07 
 
 		 469 aa  80.1  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  22.86 
 
 		 564 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.16 
 
 		 528 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.14 
 
 		 527 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1633  radical SAM domain-containing protein  23.56 
 
 		 490 aa  79.7  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.61 
 
 		 476 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 		 575 aa  79  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 		 547 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  22.01 
 
 		 518 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  20.78 
 
 		 485 aa  77.4  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  24.45 
 
 		 501 aa  77  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 476 aa  77  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  22.37 
 
 		 564 aa  77  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  21.29 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  24.93 
 
 		 584 aa  76.6  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 		 473 aa  75.9  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  23.3 
 
 		 450 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  25.1 
 
 		 495 aa  75.9  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.4 
 
 		 473 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.26 
 
 		 475 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.88 
 
 		 473 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  23.42 
 
 		 562 aa  73.6  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  23.39 
 
 		 531 aa  73.6  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.22 
 
 		 677 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1294  Fe-S oxidoreductase-like protein  23.49 
 
 		 668 aa  73.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.439517  normal  0.391395 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 		 490 aa  72.8  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  22.76 
 
 		 545 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  24.91 
 
 		 475 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1258  radical SAM family protein  23.55 
 
 		 529 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.92 
 
 		 513 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  20.67 
 
 		 472 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  26.04 
 
 		 583 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  23.55 
 
 		 548 aa  71.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  22.49 
 
 		 528 aa  71.2  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  21.63 
 
 		 520 aa  70.9  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  24.92 
 
 		 470 aa  70.9  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  23.1 
 
 		 502 aa  70.5  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.12 
 
 		 546 aa  70.1  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.95 
 
 		 681 aa  70.1  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.38 
 
 		 546 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  21.04 
 
 		 485 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  21 
 
 		 723 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.52 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.78 
 
 		 583 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.86 
 
 		 600 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.3 
 
 		 674 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>