More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3236 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 462 aa  943    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  88.96 
 
 		 467 aa  796    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  33.56 
 
 		 451 aa  249  7e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  32.74 
 
 		 460 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  35.34 
 
 		 459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  33.26 
 
 		 467 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  34.59 
 
 		 461 aa  217  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 		 506 aa  209  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  31.42 
 
 		 426 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  34.9 
 
 		 424 aa  189  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  34.16 
 
 		 424 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 		 529 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 552 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.02 
 
 		 484 aa  98.2  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.7 
 
 		 441 aa  95.5  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 441 aa  95.5  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 		 520 aa  93.6  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  27.95 
 
 		 502 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 468 aa  91.3  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  24.56 
 
 		 487 aa  90.9  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 		 533 aa  89.4  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 507 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 528 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 		 488 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16191  Fe-S oxidoreductase  26.38 
 
 		 544 aa  88.6  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.468335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.54 
 
 		 523 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.23 
 
 		 515 aa  87.8  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 1288 aa  88.2  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  24.03 
 
 		 462 aa  87  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  24.31 
 
 		 472 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19381  Fe-S oxidoreductase  25.24 
 
 		 537 aa  85.5  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0799  Elongator protein 3  28.26 
 
 		 526 aa  84.3  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  27.01 
 
 		 517 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1063  Fe-S oxidoreductase  25.55 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.297828  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 		 451 aa  84  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 474 aa  84  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.51 
 
 		 563 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  20.72 
 
 		 461 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  22.34 
 
 		 488 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  22.84 
 
 		 545 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.34 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  21.63 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1294  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.13 
 
 		 668 aa  80.5  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.439517  normal  0.391395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  25.21 
 
 		 487 aa  80.1  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.66 
 
 		 472 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  23.39 
 
 		 715 aa  79.3  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  21.21 
 
 		 487 aa  79  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 		 540 aa  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.82 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 572 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.19 
 
 		 468 aa  76.6  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  25.07 
 
 		 495 aa  76.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.68 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 		 583 aa  76.3  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 576 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1258  radical SAM family protein  25.31 
 
 		 529 aa  75.1  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.25 
 
 		 485 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  21.98 
 
 		 525 aa  75.1  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  22.25 
 
 		 489 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  23.02 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  27.3 
 
 		 577 aa  74.3  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.69 
 
 		 485 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  23.87 
 
 		 472 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.1 
 
 		 576 aa  73.9  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  22.07 
 
 		 1250 aa  73.6  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 		 556 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  23.6 
 
 		 534 aa  73.2  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.18 
 
 		 609 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0308  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.28 
 
 		 529 aa  72.4  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  24.46 
 
 		 513 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.18 
 
 		 508 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  25.12 
 
 		 473 aa  72.8  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23771  Fe-S oxidoreductase  26.27 
 
 		 538 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0282707 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  23.53 
 
 		 501 aa  72  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0679  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 532 aa  71.6  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.538704  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  26.89 
 
 		 521 aa  71.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2065  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 530 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2089  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 530 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.670556 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.74 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 452 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.4 
 
 		 554 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2963  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 522 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 		 467 aa  69.3  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  22.36 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  22.92 
 
 		 500 aa  69.3  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 573 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  26.76 
 
 		 366 aa  68.6  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  23.62 
 
 		 472 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  25.33 
 
 		 598 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.76 
 
 		 474 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 		 473 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 		 473 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>