More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1024 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 467 aa  954    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  88.96 
 
 		 462 aa  796    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  33.78 
 
 		 451 aa  253  6e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  32.46 
 
 		 460 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  33.19 
 
 		 467 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  34.74 
 
 		 459 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  33.75 
 
 		 461 aa  210  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  30.9 
 
 		 506 aa  210  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  34.15 
 
 		 424 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  34.07 
 
 		 424 aa  189  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 426 aa  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 		 471 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 468 aa  98.6  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.99 
 
 		 470 aa  97.4  5e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.67 
 
 		 484 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 		 507 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  23.35 
 
 		 529 aa  91.7  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  24.8 
 
 		 528 aa  91.3  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 517 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.55 
 
 		 513 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.05 
 
 		 487 aa  89.7  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.35 
 
 		 533 aa  88.6  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 		 1288 aa  88.6  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.88 
 
 		 523 aa  88.2  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  22.77 
 
 		 545 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  23.37 
 
 		 488 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  31.84 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.67 
 
 		 515 aa  84.7  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.31 
 
 		 487 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.81 
 
 		 488 aa  84  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 		 520 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  22.29 
 
 		 525 aa  82.8  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 451 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  22.9 
 
 		 715 aa  81.6  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19381  Fe-S oxidoreductase  25.4 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 		 552 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.84 
 
 		 441 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 441 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  21.79 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  22.58 
 
 		 1250 aa  80.5  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1063  Fe-S oxidoreductase  25.71 
 
 		 537 aa  79  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.297828  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.73 
 
 		 472 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16191  Fe-S oxidoreductase  25.8 
 
 		 544 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.468335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 489 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  22.75 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.46 
 
 		 470 aa  77.4  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0799  Elongator protein 3  26.88 
 
 		 526 aa  77.4  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 540 aa  77.4  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 513 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  19.35 
 
 		 461 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.84 
 
 		 563 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.47 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.8 
 
 		 474 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  22.31 
 
 		 501 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 576 aa  73.6  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 		 487 aa  73.6  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 		 444 aa  73.2  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 472 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 576 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.49 
 
 		 485 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  22.66 
 
 		 472 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 		 583 aa  72.8  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  27.99 
 
 		 521 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  21.71 
 
 		 450 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.92 
 
 		 527 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0679  radical SAM domain-containing protein  25.55 
 
 		 532 aa  71.6  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.538704  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1258  radical SAM family protein  25.31 
 
 		 529 aa  70.9  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  25.35 
 
 		 473 aa  70.5  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.44 
 
 		 609 aa  69.7  0.00000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  24.01 
 
 		 534 aa  70.1  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1294  Fe-S oxidoreductase-like protein  23.88 
 
 		 668 aa  69.3  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.439517  normal  0.391395 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  22.61 
 
 		 501 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2065  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 530 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  26.06 
 
 		 513 aa  69.7  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 472 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23771  Fe-S oxidoreductase  26.07 
 
 		 538 aa  69.7  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0282707 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.24 
 
 		 479 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.07 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2089  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 530 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.670556 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.24 
 
 		 479 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2963  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 522 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  24.46 
 
 		 469 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  23.48 
 
 		 495 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25 
 
 		 485 aa  67.8  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.88 
 
 		 474 aa  67  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.23 
 
 		 501 aa  67  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  23.06 
 
 		 488 aa  67  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  19.6 
 
 		 501 aa  67  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 484 aa  66.6  0.0000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  22.7 
 
 		 426 aa  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 473 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  23.46 
 
 		 473 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.96 
 
 		 478 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 481 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 503 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  26.37 
 
 		 546 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 481 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 481 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>