More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5809 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
345 aa  713    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.79 
 
 
354 aa  491  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  65.35 
 
 
332 aa  475  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.73 
 
 
327 aa  476  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.2 
 
 
329 aa  464  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.69 
 
 
329 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.3 
 
 
335 aa  437  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  58.97 
 
 
330 aa  436  1e-121  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  61.4 
 
 
329 aa  422  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  59.69 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.95 
 
 
358 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  48.15 
 
 
333 aa  328  8e-89  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.21 
 
 
348 aa  301  1e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.25 
 
 
346 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.53 
 
 
347 aa  299  5e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.67 
 
 
354 aa  295  6e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.59 
 
 
352 aa  295  9e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  45.9 
 
 
347 aa  295  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.55 
 
 
347 aa  267  2e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.86 
 
 
328 aa  261  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
334 aa  255  8e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.02 
 
 
332 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 
347 aa  249  6e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.76 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.76 
 
 
332 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.94 
 
 
332 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
332 aa  239  5e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
333 aa  239  5e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.75 
 
 
332 aa  239  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.44 
 
 
332 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
332 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.44 
 
 
332 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
332 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  42.52 
 
 
322 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.44 
 
 
332 aa  237  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.98 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.23 
 
 
332 aa  235  7e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.45 
 
 
346 aa  235  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.84 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.19 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.39 
 
 
335 aa  233  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.39 
 
 
324 aa  233  5e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.68 
 
 
356 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.39 
 
 
324 aa  233  5e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.12 
 
 
326 aa  232  6e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.12 
 
 
326 aa  232  6e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 
336 aa  232  7.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.69 
 
 
327 aa  231  9e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.48 
 
 
343 aa  232  9e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.76 
 
 
320 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
319 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  41.27 
 
 
344 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
343 aa  230  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
355 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.81 
 
 
332 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.17 
 
 
337 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.08 
 
 
343 aa  228  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
337 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
355 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
337 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.06 
 
 
356 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.79 
 
 
322 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  42.38 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
337 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  39.44 
 
 
337 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.19 
 
 
333 aa  225  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.14 
 
 
355 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.61 
 
 
337 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.08 
 
 
354 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.61 
 
 
336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.21 
 
 
331 aa  222  6e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.78 
 
 
352 aa  222  9e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  35.4 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  42.14 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.08 
 
 
355 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.73 
 
 
333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.36 
 
 
351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 
324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  41 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.06 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.77 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.46 
 
 
354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  41 
 
 
338 aa  219  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 
322 aa  219  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.3 
 
 
352 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.71 
 
 
332 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.74 
 
 
350 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
321 aa  217  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>