More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2136 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 398 aa  825    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  78.59 
 
 		 407 aa  672    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  78.34 
 
 		 406 aa  660    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  61.32 
 
 		 406 aa  500  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  55.89 
 
 		 424 aa  458  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  55.98 
 
 		 410 aa  457  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  53.18 
 
 		 409 aa  432  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  36.18 
 
 		 425 aa  262  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 416 aa  261  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  36.04 
 
 		 434 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  36.48 
 
 		 421 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  36.39 
 
 		 430 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  36.04 
 
 		 421 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  38.29 
 
 		 401 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  36.03 
 
 		 415 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  37.87 
 
 		 399 aa  228  1e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 415 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  34.32 
 
 		 415 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 420 aa  226  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  32.43 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  32.43 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 415 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  32.19 
 
 		 420 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  35.78 
 
 		 415 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  32.19 
 
 		 420 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  35.5 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  35.15 
 
 		 415 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 413 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  31.94 
 
 		 420 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  34.58 
 
 		 417 aa  223  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  35.82 
 
 		 414 aa  222  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  36.19 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 414 aa  220  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 415 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 412 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  31.83 
 
 		 419 aa  219  6e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 403 aa  219  7e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  32.34 
 
 		 413 aa  219  7.999999999999999e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  34.16 
 
 		 445 aa  219  7.999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 415 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 415 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  34.32 
 
 		 415 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  35.86 
 
 		 403 aa  216  4e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  31.94 
 
 		 420 aa  217  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 440 aa  216  4e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  30.83 
 
 		 411 aa  216  5e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 		 420 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 		 420 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 418 aa  216  5e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 		 414 aa  216  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 430 aa  216  8e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 422 aa  215  9e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  31.46 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  32.28 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  31.53 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  32.33 
 
 		 417 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 		 412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  33.92 
 
 		 414 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 		 412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.09 
 
 		 415 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  35.29 
 
 		 415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 		 412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  32.09 
 
 		 414 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.88 
 
 		 414 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 430 aa  213  5.999999999999999e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 		 418 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  31.94 
 
 		 412 aa  212  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  32.29 
 
 		 437 aa  211  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 414 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  33.83 
 
 		 414 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  31.22 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  32.08 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  31.64 
 
 		 414 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 		 407 aa  211  3e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 412 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  31.64 
 
 		 414 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  32.24 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.49 
 
 		 421 aa  210  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 		 420 aa  209  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 		 420 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 		 414 aa  209  6e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  31.55 
 
 		 417 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 		 420 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 415 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  32.83 
 
 		 418 aa  208  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.34 
 
 		 420 aa  208  1e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 443 aa  208  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 435 aa  208  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.23 
 
 		 421 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 416 aa  208  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>