More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4142 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  450  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 223 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  58.14 
 
 		 223 aa  258  4e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 223 aa  257  8e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 223 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 223 aa  255  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 223 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  56.68 
 
 		 223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  56.02 
 
 		 223 aa  251  6e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  60.29 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  58.37 
 
 		 223 aa  249  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  58.49 
 
 		 233 aa  248  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  55.81 
 
 		 224 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  53.02 
 
 		 227 aa  226  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  49.3 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 226 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 232 aa  158  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 268 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  39 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 267 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 247 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  34.83 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  34.83 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 217 aa  142  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  36.71 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 214 aa  139  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 225 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 245 aa  132  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  33.49 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  36.89 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 257 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 260 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 230 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 231 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 207 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 229 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 232 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 233 aa  108  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  32.26 
 
 		 217 aa  108  9.000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  30.92 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 248 aa  101  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 242 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  36.5 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 213 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 218 aa  99.4  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 213 aa  99.4  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 246 aa  99  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 239 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 236 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  27.75 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 219 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 219 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 245 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 237 aa  96.3  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 240 aa  95.9  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 231 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 		 231 aa  95.1  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 235 aa  95.1  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>