More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1224 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  100 
 
 
324 aa  660  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  99.38 
 
 
324 aa  656  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 
346 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  38.01 
 
 
318 aa  199  5e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 
320 aa  189  7e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  1.34652e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  34.97 
 
 
303 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 
293 aa  163  4e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 
304 aa  160  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  35.05 
 
 
304 aa  158  9e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  32.75 
 
 
339 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  32.44 
 
 
339 aa  156  5e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  32.44 
 
 
339 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  35.95 
 
 
328 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.11 
 
 
339 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  34.84 
 
 
315 aa  154  3e-36  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 
353 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.49 
 
 
327 aa  150  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  35.84 
 
 
317 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34 
 
 
334 aa  145  7e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  34.34 
 
 
344 aa  145  8e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
300 aa  144  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  34.92 
 
 
341 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  9.00564e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
316 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
334 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
334 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1387  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.69 
 
 
305 aa  143  4e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.34 
 
 
344 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.92 
 
 
323 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.38 
 
 
302 aa  142  8e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
316 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.48 
 
 
308 aa  142  9e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.45 
 
 
338 aa  141  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.42 
 
 
315 aa  142  1e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.23 
 
 
328 aa  142  1e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  34.21 
 
 
319 aa  140  2e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
334 aa  141  2e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.14 
 
 
308 aa  140  2e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 
318 aa  140  2e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33.11 
 
 
315 aa  140  4e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.56 
 
 
300 aa  139  8e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31 
 
 
319 aa  139  9e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.73418e-10  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.44551e-07  hitchhiker  9.16413e-05 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  29.88 
 
 
330 aa  138  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.54 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.20754e-06  hitchhiker  1.72116e-09 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.99668e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.1451e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  5.57514e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.72174e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  31 
 
 
319 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.78536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.2 
 
 
314 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  31.83 
 
 
310 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.44921e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 
318 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  32.63 
 
 
339 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  2.20374e-09 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  1.78257e-07 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  1.36846e-10 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  32.13 
 
 
362 aa  137  3e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  30.14 
 
 
313 aa  137  3e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  29.88 
 
 
330 aa  137  3e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.98 
 
 
322 aa  136  4e-31  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.46 
 
 
399 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.44 
 
 
352 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  32.67 
 
 
334 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.7 
 
 
319 aa  135  6e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.98156e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.97 
 
 
315 aa  135  7e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
316 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.15 
 
 
346 aa  135  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.22 
 
 
331 aa  135  1e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0714  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.83 
 
 
302 aa  134  2e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.13188  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.19 
 
 
316 aa  134  2e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.88 
 
 
332 aa  134  2e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.33 
 
 
320 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.49 
 
 
350 aa  133  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 
339 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl563  23S rRNA pseudouridine synthase  32.74 
 
 
323 aa  133  4e-30  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0451901  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.27 
 
 
308 aa  133  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.99 
 
 
318 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 
364 aa  132  8e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
318 aa  132  8e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  30.23 
 
 
346 aa  132  1e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  32.25 
 
 
319 aa  131  2e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  31.13 
 
 
398 aa  130  2e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 
303 aa  131  2e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  29.63 
 
 
324 aa  131  2e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.19 
 
 
318 aa  130  2e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  4.64709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.75 
 
 
318 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.92786e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  29.57 
 
 
335 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  29.93 
 
 
329 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 
320 aa  130  4e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.33866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  28.4 
 
 
354 aa  130  4e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.96 
 
 
320 aa  130  4e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2729  pseudouridine synthase, RluA family  38.87 
 
 
285 aa  129  5e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.52231e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
334 aa  129  5e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 
333 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.47946e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.41 
 
 
299 aa  129  7e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.22 
 
 
331 aa  129  7e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  33.56 
 
 
333 aa  129  7e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  29.7 
 
 
370 aa  129  8e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>