117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4681 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  100 
 
 		 350 aa  711    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  81.76 
 
 		 383 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  81.52 
 
 		 382 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  67.84 
 
 		 348 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  69.21 
 
 		 348 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  67.05 
 
 		 371 aa  455  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  67.75 
 
 		 375 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  70.43 
 
 		 338 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  69.82 
 
 		 366 aa  448  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  70.21 
 
 		 366 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  71.43 
 
 		 335 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  65.24 
 
 		 368 aa  441  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  70.21 
 
 		 338 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  70.12 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  68.13 
 
 		 340 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  69.02 
 
 		 346 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  68.71 
 
 		 344 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  69.51 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  62.92 
 
 		 332 aa  391  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  56.3 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  51.94 
 
 		 383 aa  358  6e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  50 
 
 		 349 aa  345  5e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  55.15 
 
 		 358 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  53.94 
 
 		 383 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  52.85 
 
 		 332 aa  332  7.000000000000001e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  53.94 
 
 		 383 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  54.68 
 
 		 342 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  47.55 
 
 		 332 aa  324  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  44.05 
 
 		 347 aa  323  2e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  48.32 
 
 		 340 aa  320  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  52.44 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  55.83 
 
 		 340 aa  317  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  54.57 
 
 		 335 aa  311  9e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  45.62 
 
 		 351 aa  309  4e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  51.22 
 
 		 328 aa  288  1e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  46.15 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.18 
 
 		 348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.93 
 
 		 328 aa  269  5.9999999999999995e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  37.78 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  47.76 
 
 		 351 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.68 
 
 		 348 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  46.13 
 
 		 349 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  37.3 
 
 		 328 aa  263  3e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  44.94 
 
 		 355 aa  263  4e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.99 
 
 		 328 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  44.41 
 
 		 344 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  45.45 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  45.38 
 
 		 347 aa  257  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  44.27 
 
 		 344 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  44.57 
 
 		 352 aa  255  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.85 
 
 		 352 aa  255  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.85 
 
 		 352 aa  255  8e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  45.14 
 
 		 390 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.37 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  44.19 
 
 		 365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.68 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  44.15 
 
 		 345 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  43.08 
 
 		 337 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  43.71 
 
 		 335 aa  239  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  44.95 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  43.79 
 
 		 351 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  43.3 
 
 		 334 aa  235  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  42.24 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  43.71 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  42.56 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  40.24 
 
 		 337 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  40.87 
 
 		 371 aa  219  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  38.36 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.68 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.03 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.91 
 
 		 1017 aa  152  8.999999999999999e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  34.08 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.82 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  34.82 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.5 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  25.85 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.48 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  26.79 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  23.19 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.89 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.83 
 
 		 327 aa  62.4  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  22.74 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.25 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.82 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  28.4 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  27.97 
 
 		 454 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  30 
 
 		 589 aa  54.3  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  27.97 
 
 		 454 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 459 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1339  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 472 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 472 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 472 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0195  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 472 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1013  metallo-beta-lactamase family protein  28.9 
 
 		 603 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  29.34 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1210  beta-lactamase-like  28.57 
 
 		 453 aa  50.4  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.856378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5599  beta-lactamase domain protein  24.55 
 
 		 477 aa  49.7  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0190943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6202  beta-lactamase domain-containing protein  27.17 
 
 		 470 aa  49.3  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3291  metallo-beta-lactamase family protein  25.33 
 
 		 455 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  27.65 
 
 		 452 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>