More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0059 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
366 aa  741  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  82.37 
 
 
368 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  85.13 
 
 
387 aa  584  1e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  84.59 
 
 
412 aa  580  1e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  85.76 
 
 
351 aa  580  1e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  83 
 
 
366 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  79.18 
 
 
358 aa  566  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  62.58 
 
 
363 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  63.47 
 
 
342 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  58.29 
 
 
354 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  61.2 
 
 
335 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  63.73 
 
 
341 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  63.43 
 
 
341 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  63.43 
 
 
341 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  59.28 
 
 
299 aa  347  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  57.79 
 
 
300 aa  347  3e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  56.73 
 
 
310 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  56.82 
 
 
310 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  57.47 
 
 
310 aa  343  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  57.47 
 
 
309 aa  337  1e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  56.29 
 
 
324 aa  335  9e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  56.29 
 
 
324 aa  335  9e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  56.6 
 
 
324 aa  333  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  54.4 
 
 
312 aa  326  4e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  58.03 
 
 
307 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  51.27 
 
 
320 aa  320  2e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  52.66 
 
 
318 aa  320  2e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 
310 aa  306  5e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  50.65 
 
 
308 aa  285  6e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 
306 aa  285  1e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 
311 aa  284  2e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 
302 aa  284  2e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 
304 aa  279  6e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.53 
 
 
301 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 
301 aa  260  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 
301 aa  259  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.53 
 
 
301 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 
298 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 
301 aa  246  3e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 
296 aa  236  4e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  43.96 
 
 
324 aa  234  2e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 
307 aa  229  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 
308 aa  223  6e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 
318 aa  222  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 
304 aa  218  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.81 
 
 
308 aa  216  5e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  42.63 
 
 
319 aa  216  6e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 
312 aa  216  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
305 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 
308 aa  209  7e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 
305 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 
305 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 
305 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 
324 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 
324 aa  206  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 
324 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 
314 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 
314 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 
318 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 
306 aa  202  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 
305 aa  201  2e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 
304 aa  201  2e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.48729e-10  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 
321 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 
321 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 
311 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 
317 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 
305 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 
310 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 
310 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 
310 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.94 
 
 
314 aa  198  1e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 
314 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 
317 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  3.01922e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 
299 aa  196  4e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  196  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 
314 aa  196  4e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 
317 aa  196  4e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42961e-06 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
302 aa  196  5e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
302 aa  196  5e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
302 aa  196  5e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 
302 aa  196  8e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.72 
 
 
302 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 
307 aa  195  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 
318 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.56 
 
 
310 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 
314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 
314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 
310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  36.98 
 
 
314 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 
314 aa  194  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 
339 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
315 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>