More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4268 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4268  thiamine ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 249 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3109  ABC transporter ATP-binding protein  55.84 
 
 		 235 aa  264  8e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3261  ABC transporter ATP-binding protein  53.64 
 
 		 246 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1759  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  54.31 
 
 		 241 aa  240  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00111297  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1698  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  54.31 
 
 		 241 aa  240  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.06608  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1140  ABC transporter ATP-binding protein  53.88 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.083935  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0328  ABC transporter related  49.28 
 
 		 229 aa  201  8e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.460125 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2816  ABC transporter related  45.61 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.792279  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2117  putative thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  41.74 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0613  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.19 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00339091 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00790  hypothetical protein  44.54 
 
 		 234 aa  188  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0735  thiamine transporter ATP-binding subunit  47.62 
 
 		 234 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0060  ABC transporter related  48.03 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001684  thiamin ABC transporter ATPase component  45.67 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0113  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.19 
 
 		 235 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.42965 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.19 
 
 		 235 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0351  thiamine transport ATP-binding protein ThiQ  43.69 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00068  thiamin transporter subunit  44.76 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0058  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.76 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00067  hypothetical protein  44.76 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.71 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.051764 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3810  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.35 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.76 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0068  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.76 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3591  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.76 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.205746  hitchhiker  0.000000268324 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1393  ABC thiamine transporter, ATPase subunit  47.6 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3621  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.64 
 
 		 236 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.802335  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0112  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.71 
 
 		 235 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3533  ABC transporter, ATPase subunit, ThiQ subfamily  44.29 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.29 
 
 		 232 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.351626  normal  0.566701 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0071  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.29 
 
 		 232 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0110  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.24 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.697041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0387  ABC transporter for thiamin ATP-binding protein  45.59 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.040787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3416  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.73 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3544  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.73 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2945  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.73 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.525623 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0621  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.23 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2800  ABC transporter related  45.18 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.43358  normal  0.94846 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0582  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.44 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1198  ABC transporter related  48.63 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1011  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  45.13 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1062  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.23 
 
 		 387 aa  165  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4448  ABC transporter related  46.07 
 
 		 373 aa  165  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.79 
 
 		 349 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2873  ABC transporter related  45.99 
 
 		 353 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.204327 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.85 
 
 		 380 aa  164  9e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.6 
 
 		 360 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0947  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.55 
 
 		 378 aa  161  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2136  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.26 
 
 		 372 aa  161  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0974  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.02 
 
 		 378 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1984  ABC transporter related  45.08 
 
 		 371 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.775103  normal  0.0813091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4911  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  38.72 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1541  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.76 
 
 		 354 aa  159  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.959394  normal  0.682302 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1095  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.55 
 
 		 378 aa  158  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.703893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1132  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.67 
 
 		 378 aa  158  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3307  ABC transporter related  39.08 
 
 		 350 aa  158  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0756989 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6577  ABC transporter related  38.3 
 
 		 359 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.446279 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1271  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  42.21 
 
 		 378 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4505  ABC transporter  42.78 
 
 		 368 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.615344 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1305  molybdate ABC transporter, ATP-binding protein  41.83 
 
 		 353 aa  157  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.4508 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5403  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.8 
 
 		 380 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000274828 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1531  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.23 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.9 
 
 		 352 aa  157  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.25 
 
 		 370 aa  157  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0669112  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5179  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  41.8 
 
 		 380 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5086  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.8 
 
 		 380 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162626  normal  0.269362 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1495  sulphate transport system permease protein 1  38.91 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.625572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48750  polyamine ABC transporter ATP-binding subunit, PotG subunit  42.25 
 
 		 383 aa  156  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0473431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2917  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0239568  normal  0.458628 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2999  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0253252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03940  polyamine transport protein PotG  40.28 
 
 		 384 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3096  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0831246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0439594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0393  polyamine transport protein PotG  40.28 
 
 		 384 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2660  ABC transporter related  42.18 
 
 		 346 aa  156  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0625705  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.8 
 
 		 380 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688295  normal  0.586195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3191  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00351311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5239  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.8 
 
 		 380 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.44 
 
 		 378 aa  156  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1109  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000609618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.21 
 
 		 378 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0114763  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1229  ABC transporter related  39.05 
 
 		 370 aa  156  4e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2243  ABC transporter related  36.36 
 
 		 281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3008  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.25 
 
 		 378 aa  155  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.532484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2641  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  39.25 
 
 		 378 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.220503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6838  putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.26 
 
 		 393 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.840617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2120  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.11 
 
 		 380 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674614  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1993  ABC transporter related protein  37.91 
 
 		 344 aa  155  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.381301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.21 
 
 		 346 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  46.03 
 
 		 343 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1398  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  37.07 
 
 		 327 aa  154  9e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.240911  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1375  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  37.07 
 
 		 327 aa  154  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000557634 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1439  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  37.07 
 
 		 327 aa  154  9e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000273581  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4565  ABC transporter related  39.82 
 
 		 361 aa  154  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.155575 
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.67 
 
 		 381 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0661  glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  42.86 
 
 		 368 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1201  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  36.64 
 
 		 327 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0347  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.02 
 
 		 384 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2861  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.05 
 
 		 366 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527786  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3307  ABC transporter related  41.71 
 
 		 346 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>