More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2816 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2816  ABC transporter related  100 
 
 		 231 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.792279  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0060  ABC transporter related  61.3 
 
 		 231 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1393  ABC thiamine transporter, ATPase subunit  60.87 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2800  ABC transporter related  58.7 
 
 		 231 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.43358  normal  0.94846 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0328  ABC transporter related  46.72 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.460125 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3416  thiamine transporter ATP-binding subunit  50.68 
 
 		 236 aa  204  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3544  thiamine transporter ATP-binding subunit  50.68 
 
 		 236 aa  204  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1759  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  46.09 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00111297  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1698  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  46.09 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.06608  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3261  ABC transporter ATP-binding protein  51.92 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3810  thiamine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 		 234 aa  202  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2945  thiamine transporter ATP-binding subunit  50.68 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.525623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0613  thiamine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00339091 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0735  thiamine transporter ATP-binding subunit  49.32 
 
 		 234 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3621  thiamine transporter ATP-binding subunit  48.86 
 
 		 236 aa  202  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.802335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0582  thiamine transporter ATP-binding subunit  51.76 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104083  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4268  thiamine ABC transporter ATP-binding protein  45.61 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1140  ABC transporter ATP-binding protein  43.91 
 
 		 258 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.083935  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.88 
 
 		 235 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0113  thiamine transporter ATP-binding subunit  48.44 
 
 		 235 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.42965 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0110  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.43 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.697041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0112  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.43 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218472 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  48.64 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.051764 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3109  ABC transporter ATP-binding protein  43.91 
 
 		 235 aa  185  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00068  thiamin transporter subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00067  hypothetical protein  45.09 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0068  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3591  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.205746  hitchhiker  0.000000268324 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0058  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0621  thiamine transporter ATP-binding subunit  47 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.351626  normal  0.566701 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0071  thiamine transporter ATP-binding subunit  45.09 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3533  ABC transporter, ATPase subunit, ThiQ subfamily  45.09 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00790  hypothetical protein  46.15 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2117  putative thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  42.24 
 
 		 238 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001684  thiamin ABC transporter ATPase component  44.23 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1011  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  46.77 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0351  thiamine transport ATP-binding protein ThiQ  39.29 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0387  ABC transporter for thiamin ATP-binding protein  41.01 
 
 		 236 aa  161  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.040787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  38.5 
 
 		 527 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1055  ABC transporter related  45.31 
 
 		 366 aa  157  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.09 
 
 		 352 aa  155  6e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6838  putrescine ABC transporter ATP-binding protein  41.26 
 
 		 393 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.840617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0781  iron(III) ABC transporter, ATP-binding protein  38.66 
 
 		 349 aa  153  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00618653  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.8 
 
 		 361 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0053  ABC transporter related  40.1 
 
 		 309 aa  150  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.916211  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2803  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.81 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0416971  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0922  ABC transporter related  34.78 
 
 		 353 aa  150  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3954  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.91 
 
 		 381 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1720  ABC transporter related  44.95 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  35.75 
 
 		 356 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.3 
 
 		 377 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1229  ABC transporter related  34.39 
 
 		 370 aa  149  3e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0225  ABC transporter related  41.87 
 
 		 349 aa  149  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.676299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0285  ABC transporter related  40.71 
 
 		 334 aa  149  3e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0897858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1198  ABC transporter related  41 
 
 		 204 aa  149  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  38.64 
 
 		 367 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  36.91 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3075  ABC transporter related  40.69 
 
 		 357 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2660  ABC transporter related  40.09 
 
 		 346 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0625705  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3183  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  37.07 
 
 		 353 aa  148  6e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0268964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3307  ABC transporter related  40.09 
 
 		 346 aa  148  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2478  thiamine transport system ATP-binding protein  38.16 
 
 		 351 aa  148  7e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1882  ABC transporter-related protein  37.39 
 
 		 355 aa  148  8e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4252  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.44 
 
 		 367 aa  148  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.2 
 
 		 383 aa  148  8e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1404  ABC transporter related  38.36 
 
 		 356 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0478366  normal  0.517405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  37.73 
 
 		 370 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4505  ABC transporter  37.88 
 
 		 368 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.615344 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2400  ABC transporter related  36.4 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.511263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21910  putative ATP-binding component of ABC transporter  36.91 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000308593 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3161  ABC transporter related  39.11 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0305522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.55 
 
 		 387 aa  146  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl511  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding component  36.57 
 
 		 350 aa  146  3e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0748  ABC transporter related  39.64 
 
 		 333 aa  146  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4911  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  36.91 
 
 		 336 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3041  ABC permidine/putrescine transporter, ATPase subunit  40.98 
 
 		 365 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3862  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.27 
 
 		 360 aa  146  3e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.000929662  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1680  sulphate transport system permease protein 1  38.24 
 
 		 338 aa  146  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.070095  normal  0.46795 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1759  ABC transporter related  34.07 
 
 		 353 aa  146  3e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1050  ABC transporter related  35.68 
 
 		 356 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0435  ABC transporter related  44.08 
 
 		 332 aa  146  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189338  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4279  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.53 
 
 		 372 aa  145  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.714289  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3516  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  39.11 
 
 		 329 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1022  ABC transporter related  34.07 
 
 		 353 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5881  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (spermidine/putrescine)  36.17 
 
 		 369 aa  145  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  38.14 
 
 		 339 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6063  ABC transporter related  38.89 
 
 		 353 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  34.76 
 
 		 362 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1062  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.81 
 
 		 387 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1078  ABC transporter ATP-binding protein  39.72 
 
 		 369 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.697393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5307  ABC transporter related  39.81 
 
 		 355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853728 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2413  ABC transporter related  36.57 
 
 		 376 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  38.31 
 
 		 370 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1488  ABC transporter related  36.97 
 
 		 265 aa  144  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.32333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2286  putrescine transporter ATP-binding subunit  38.92 
 
 		 377 aa  144  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1119  ABC transporter related  39.72 
 
 		 369 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3415  ABC transporter related protein  34.82 
 
 		 354 aa  144  8.000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00408185  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  34.8 
 
 		 384 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>