More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3109 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3109  ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 
235 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4268  thiamine ABC transporter ATP-binding protein  55.84 
 
 
249 aa  264  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1759  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  49.36 
 
 
241 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00111297  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1698  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  49.36 
 
 
241 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.06608  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3261  ABC transporter ATP-binding protein  49.36 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2117  putative thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  44.78 
 
 
238 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001684  thiamin ABC transporter ATPase component  44.98 
 
 
234 aa  209  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1140  ABC transporter ATP-binding protein  52.66 
 
 
258 aa  208  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.083935  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0613  thiamine transporter ATP-binding subunit  48.83 
 
 
235 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00339091 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00790  hypothetical protein  44.98 
 
 
234 aa  201  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1011  thiamine ABC transporter, ATP-binding protein  48.06 
 
 
214 aa  195  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0328  ABC transporter related  47.6 
 
 
229 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.460125 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3621  thiamine transporter ATP-binding subunit  47.34 
 
 
236 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.802335  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0387  ABC transporter for thiamin ATP-binding protein  41.33 
 
 
236 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.040787  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0351  thiamine transport ATP-binding protein ThiQ  43.5 
 
 
224 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3810  thiamine transporter ATP-binding subunit  46.38 
 
 
234 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0735  thiamine transporter ATP-binding subunit  47.98 
 
 
234 aa  190  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0058  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
232 aa  187  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00068  thiamin transporter subunit  43.78 
 
 
232 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00067  hypothetical protein  43.78 
 
 
232 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0068  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
232 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
232 aa  187  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3591  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
232 aa  187  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.205746  hitchhiker  0.000000268324 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0070  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.32 
 
 
232 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.351626  normal  0.566701 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2816  ABC transporter related  43.91 
 
 
231 aa  185  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.792279  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.7 
 
 
235 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3533  ABC transporter, ATPase subunit, ThiQ subfamily  43.12 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3544  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.44 
 
 
236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0071  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.12 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3416  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.44 
 
 
236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0113  thiamine transporter ATP-binding subunit  47.52 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.42965 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0117  thiamine transporter ATP-binding subunit  47.03 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.051764 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0112  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.24 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.218472 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2945  thiamine transporter ATP-binding subunit  44.44 
 
 
236 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.525623 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0582  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.6 
 
 
230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0110  thiamine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
235 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.697041  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0621  thiamine transporter ATP-binding subunit  42.53 
 
 
237 aa  178  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0060  ABC transporter related  49.31 
 
 
231 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1393  ABC thiamine transporter, ATPase subunit  48.85 
 
 
231 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1198  ABC transporter related  46.67 
 
 
204 aa  169  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7453  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  40.43 
 
 
347 aa  168  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6577  ABC transporter related  45.24 
 
 
359 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.446279 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2197  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  42.49 
 
 
359 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171508  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2107  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  42.06 
 
 
363 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3424  ABC transporter related  44.61 
 
 
328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.12 
 
 
337 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3307  ABC transporter related  41.26 
 
 
350 aa  162  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0756989 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  44.61 
 
 
328 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0661  glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  39.25 
 
 
368 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  40.76 
 
 
343 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3188  putative ABC transporter ATP-binding protein  40.08 
 
 
378 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.76 
 
 
343 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40 
 
 
346 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  40.09 
 
 
527 aa  161  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4505  ABC transporter  38.14 
 
 
368 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.615344 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.52 
 
 
369 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2800  ABC transporter related  45.22 
 
 
231 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.43358  normal  0.94846 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.56 
 
 
360 aa  160  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0584  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  37.86 
 
 
348 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.76 
 
 
345 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1639  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  41.2 
 
 
359 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2898  ABC transporter related  38.3 
 
 
366 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00959734 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3872  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  44.21 
 
 
340 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.213483 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1720  ABC transporter related  36.71 
 
 
342 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.32 
 
 
382 aa  159  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  37.45 
 
 
367 aa  159  3e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4911  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  38.36 
 
 
336 aa  159  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5610  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  40.6 
 
 
360 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0947  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.22 
 
 
378 aa  158  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2188  ABC transporter related  41.51 
 
 
331 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321359  normal  0.0854414 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3470  ABC transporter related  44.17 
 
 
248 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3984  ABC transporter related  37.97 
 
 
354 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.194815 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1680  sulphate transport system permease protein 1  37.84 
 
 
338 aa  158  6e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.070095  normal  0.46795 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3492  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  39.33 
 
 
343 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.993193  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  38.03 
 
 
381 aa  158  7e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2969  ABC transporter related  42.18 
 
 
418 aa  158  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.979711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3479  sulphate transport system permease protein 1  39.33 
 
 
343 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3542  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  39.33 
 
 
343 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.32 
 
 
349 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1229  ABC transporter related  37.56 
 
 
370 aa  158  8e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8128  ABC Fe+3 transporter, ATPase subunit  44.13 
 
 
333 aa  158  8e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.312033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0595  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  37.24 
 
 
347 aa  158  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.645255 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1959  putrescine transporter ATP-binding subunit  36.64 
 
 
377 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  37.82 
 
 
373 aa  158  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.86 
 
 
378 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0114763  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1960  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  37.93 
 
 
399 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1109  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.86 
 
 
378 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000609618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0982  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  37.5 
 
 
363 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3403  sulphate transport system permease protein 1  42.2 
 
 
356 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.270321  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3075  ABC transporter related  38.94 
 
 
357 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.78 
 
 
376 aa  157  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3843  ABC transporter related  38.08 
 
 
353 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.34 
 
 
378 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3891  sulfate ABC transporter, ATPase subunit  37.97 
 
 
356 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.540067  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.39 
 
 
370 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  37.29 
 
 
352 aa  157  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3191  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.86 
 
 
378 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00351311 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.86 
 
 
378 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0439594  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1095  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.39 
 
 
378 aa  156  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.703893  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0951  putrescine transporter ATP-binding subunit  36.02 
 
 
377 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>