233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2266 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
517 aa  1000    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  68.17 
 
 
474 aa  595  1e-169  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.61 
 
 
471 aa  301  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.5 
 
 
459 aa  283  6.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.14 
 
 
466 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.03 
 
 
460 aa  277  3e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.46 
 
 
465 aa  276  7e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.07 
 
 
470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.24 
 
 
464 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.51 
 
 
466 aa  263  4e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.33 
 
 
463 aa  248  1e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.33 
 
 
463 aa  248  1e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
467 aa  248  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.21 
 
 
480 aa  247  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.11 
 
 
463 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.6 
 
 
482 aa  243  5e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.01 
 
 
518 aa  236  8e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.64 
 
 
483 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.97 
 
 
450 aa  230  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.71 
 
 
463 aa  229  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.13 
 
 
450 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
517 aa  227  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.7 
 
 
489 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.67 
 
 
455 aa  219  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.56 
 
 
473 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37 
 
 
467 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.67 
 
 
450 aa  217  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.09 
 
 
450 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.09 
 
 
450 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.09 
 
 
450 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.97 
 
 
474 aa  214  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.41 
 
 
462 aa  212  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.21 
 
 
450 aa  212  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.59 
 
 
471 aa  209  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.26 
 
 
486 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.96 
 
 
529 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  36.38 
 
 
483 aa  207  4e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.53 
 
 
450 aa  206  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.57 
 
 
510 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.77 
 
 
529 aa  204  4e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.47 
 
 
492 aa  203  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.04 
 
 
484 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  36.88 
 
 
450 aa  201  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.48 
 
 
486 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.83 
 
 
484 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  37.1 
 
 
492 aa  200  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.61 
 
 
476 aa  199  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.83 
 
 
484 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.83 
 
 
484 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.04 
 
 
486 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.77 
 
 
466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  34.47 
 
 
502 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.03 
 
 
477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.7 
 
 
479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.82 
 
 
497 aa  196  8.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.3 
 
 
451 aa  196  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.57 
 
 
480 aa  189  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.82 
 
 
490 aa  188  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  31.25 
 
 
491 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 
488 aa  188  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.82 
 
 
495 aa  187  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  35.08 
 
 
508 aa  186  6e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.34 
 
 
495 aa  187  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.54 
 
 
486 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.97 
 
 
478 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.61 
 
 
484 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.38 
 
 
492 aa  177  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.34 
 
 
476 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.36 
 
 
486 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.13 
 
 
486 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.7 
 
 
503 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.84 
 
 
479 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.46 
 
 
474 aa  172  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.32 
 
 
470 aa  169  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.51 
 
 
480 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.53 
 
 
496 aa  163  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.33 
 
 
507 aa  163  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.49 
 
 
479 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.9 
 
 
484 aa  161  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
490 aa  160  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.98 
 
 
478 aa  159  8e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  35.22 
 
 
442 aa  159  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.12 
 
 
471 aa  159  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35 
 
 
579 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  30.1 
 
 
471 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.85 
 
 
471 aa  156  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.07 
 
 
505 aa  155  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.47 
 
 
462 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.92 
 
 
478 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  29.85 
 
 
471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.29 
 
 
530 aa  154  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.14 
 
 
470 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.67 
 
 
470 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
458 aa  151  2e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
551 aa  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.16 
 
 
350 aa  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.44 
 
 
475 aa  150  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.64 
 
 
475 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.09 
 
 
470 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.64 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>