90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2321 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2321  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 		 287 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.343948  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1541  methyltransferase, putative  58.42 
 
 		 306 aa  334  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0775006 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0869  putative cytosine-specific methyltransferase protein  67.84 
 
 		 194 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0279649 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3594  C-5 cytosine-specific DNA methylase  65.22 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0665  C-5 cytosine-specific DNA methylase  53.06 
 
 		 446 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30 
 
 		 236 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4216  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.62 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.757892  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  41 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  41 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  41 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  37.74 
 
 		 460 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  37.74 
 
 		 460 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  34.38 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  34.41 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  34.34 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  33 
 
 		 467 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  31.31 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  32.71 
 
 		 652 aa  53.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  26.04 
 
 		 327 aa  53.9  0.000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  29.46 
 
 		 437 aa  53.1  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  29.01 
 
 		 399 aa  52.8  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  26.9 
 
 		 338 aa  52.8  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  31.13 
 
 		 399 aa  52.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 329 aa  52.4  0.000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.86 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 		 419 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  44 
 
 		 399 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  29.84 
 
 		 406 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  32.63 
 
 		 348 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  31.96 
 
 		 337 aa  50.4  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  29.46 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 		 308 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.28 
 
 		 313 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 		 423 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  28.08 
 
 		 671 aa  48.5  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 		 423 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.71 
 
 		 345 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  27.94 
 
 		 342 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  32.11 
 
 		 356 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  31.86 
 
 		 657 aa  47.8  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  24.79 
 
 		 402 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  33.67 
 
 		 727 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  35.05 
 
 		 438 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  27.38 
 
 		 456 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  25.85 
 
 		 632 aa  46.6  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  33.96 
 
 		 331 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  27.38 
 
 		 456 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  32.29 
 
 		 361 aa  46.6  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  29.73 
 
 		 412 aa  46.2  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  25.81 
 
 		 395 aa  46.2  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 468 aa  45.8  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  28.43 
 
 		 313 aa  45.8  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  23.08 
 
 		 324 aa  45.8  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.11 
 
 		 362 aa  45.8  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  32.61 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  25.78 
 
 		 375 aa  45.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  25.93 
 
 		 406 aa  45.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  27.45 
 
 		 371 aa  45.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  31 
 
 		 350 aa  45.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  25.43 
 
 		 500 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  29.2 
 
 		 373 aa  44.3  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.62 
 
 		 686 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  30.83 
 
 		 358 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.62 
 
 		 698 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_87597  predicted protein  31.31 
 
 		 371 aa  44.3  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6177  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 390 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  30.69 
 
 		 440 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  30.69 
 
 		 440 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  36.96 
 
 		 358 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  31 
 
 		 368 aa  44.3  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 365 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  25.2 
 
 		 452 aa  43.9  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  29.7 
 
 		 336 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  27.96 
 
 		 489 aa  43.5  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  29.9 
 
 		 437 aa  43.5  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  26.26 
 
 		 352 aa  43.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.46 
 
 		 373 aa  43.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  23.39 
 
 		 446 aa  43.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  27 
 
 		 416 aa  43.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  31.11 
 
 		 320 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  24.78 
 
 		 689 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  27.9 
 
 		 380 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  27.88 
 
 		 440 aa  42.7  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 		 355 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  40 
 
 		 393 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  24.16 
 
 		 318 aa  42.4  0.009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  31.73 
 
 		 362 aa  42.4  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.84 
 
 		 328 aa  42.4  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 350 aa  42.4  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>