150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6177 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6177  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
390 aa  775    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.31 
 
 
236 aa  92  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  34.68 
 
 
318 aa  90.5  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  30.56 
 
 
662 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  30.41 
 
 
632 aa  76.6  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4216  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.33 
 
 
329 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.757892  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0330  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.4 
 
 
253 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0129199  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
418 aa  73.6  0.000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  30.86 
 
 
359 aa  73.2  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  28.72 
 
 
395 aa  70.1  0.00000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  31.82 
 
 
259 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  31.82 
 
 
259 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  30.46 
 
 
406 aa  68.9  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  31.55 
 
 
437 aa  68.6  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.65 
 
 
308 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  33.59 
 
 
393 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  32.48 
 
 
456 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  36.36 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  32.48 
 
 
456 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.25 
 
 
251 aa  67  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  34.62 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  30.08 
 
 
460 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  30.08 
 
 
460 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  27.17 
 
 
423 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  30.56 
 
 
328 aa  63.9  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  32.74 
 
 
335 aa  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  33.08 
 
 
399 aa  63.5  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  31.33 
 
 
352 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
416 aa  63.2  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  28.16 
 
 
370 aa  63.2  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  26.13 
 
 
342 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.71 
 
 
451 aa  62  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  30.48 
 
 
489 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  27.68 
 
 
423 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  27.48 
 
 
468 aa  61.2  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.79 
 
 
283 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.52 
 
 
334 aa  60.8  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.74 
 
 
362 aa  60.5  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0752  DNA-cytosine methyltransferase  28.04 
 
 
371 aa  60.1  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  29.89 
 
 
335 aa  59.7  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  31.18 
 
 
337 aa  58.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  30.69 
 
 
320 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  29.71 
 
 
310 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.56 
 
 
328 aa  57.8  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  30.66 
 
 
409 aa  57.8  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  31.97 
 
 
450 aa  57.4  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  32.8 
 
 
407 aa  57.4  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  28.41 
 
 
418 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  28.41 
 
 
418 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  25.85 
 
 
727 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  30.1 
 
 
438 aa  57.4  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 
313 aa  57  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  29.57 
 
 
446 aa  56.6  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  27.36 
 
 
323 aa  56.2  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.52 
 
 
362 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  29.08 
 
 
440 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  25.17 
 
 
331 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  28.07 
 
 
468 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0869  putative cytosine-specific methyltransferase protein  35.25 
 
 
194 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0279649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  23.35 
 
 
465 aa  55.1  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  32.41 
 
 
373 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  26.06 
 
 
379 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
399 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  29.63 
 
 
338 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  26.96 
 
 
348 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  35.35 
 
 
348 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  25.71 
 
 
404 aa  53.9  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
361 aa  53.5  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  32.32 
 
 
319 aa  53.9  0.000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  34.23 
 
 
435 aa  53.5  0.000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  35.77 
 
 
419 aa  53.1  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 
336 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.59 
 
 
431 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.22 
 
 
405 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  23.39 
 
 
360 aa  52  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  34.65 
 
 
395 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  34.86 
 
 
423 aa  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  32.32 
 
 
434 aa  51.6  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  34.02 
 
 
345 aa  51.2  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  26.14 
 
 
329 aa  51.2  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  30.48 
 
 
350 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 
350 aa  51.2  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  30.69 
 
 
311 aa  50.8  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  34.29 
 
 
424 aa  50.4  0.00005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4397  modification methylase ScrFIB  31.93 
 
 
324 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.56 
 
 
357 aa  50.4  0.00005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  28 
 
 
416 aa  50.4  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1541  methyltransferase, putative  29.77 
 
 
306 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0775006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  49.06 
 
 
437 aa  50.1  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  28.44 
 
 
327 aa  50.4  0.00006  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0727  DNA-cytosine methyltransferase  25.64 
 
 
372 aa  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00617337  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  33.04 
 
 
671 aa  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1029  putative site-specific DNA-methyltransferase  27.37 
 
 
383 aa  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  27.59 
 
 
417 aa  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  26.21 
 
 
320 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
657 aa  48.9  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  36.04 
 
 
342 aa  49.3  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  27.88 
 
 
305 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  31.73 
 
 
368 aa  48.9  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>