46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1541 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1541  methyltransferase, putative  100 
 
 		 306 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0775006 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2321  C-5 cytosine-specific DNA methylase  58.42 
 
 		 287 aa  334  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.343948  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3594  C-5 cytosine-specific DNA methylase  52.29 
 
 		 380 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0869  putative cytosine-specific methyltransferase protein  75 
 
 		 194 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0279649 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0665  C-5 cytosine-specific DNA methylase  50 
 
 		 446 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  34.81 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  34.81 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.81 
 
 		 251 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4216  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.02 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.757892  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.29 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  35.16 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  34 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 467 aa  56.2  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  29.29 
 
 		 329 aa  55.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  33 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  26.24 
 
 		 320 aa  53.5  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  36.62 
 
 		 399 aa  53.1  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.71 
 
 		 283 aa  52.4  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  32.04 
 
 		 460 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6177  DNA-cytosine methyltransferase  29.77 
 
 		 390 aa  50.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  25.89 
 
 		 437 aa  50.4  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  32.04 
 
 		 460 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 		 423 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  28.32 
 
 		 657 aa  48.1  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  26.92 
 
 		 406 aa  48.1  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  27.03 
 
 		 319 aa  47.4  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 324 aa  47.8  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  26.8 
 
 		 308 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 		 423 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 		 727 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  30.48 
 
 		 331 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  27.72 
 
 		 350 aa  46.2  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  28.12 
 
 		 337 aa  46.2  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  32.61 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  28.43 
 
 		 437 aa  45.8  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  27.27 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  28.89 
 
 		 438 aa  44.3  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 		 395 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  25.76 
 
 		 342 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  27.27 
 
 		 313 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  24.59 
 
 		 318 aa  43.5  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  30.17 
 
 		 652 aa  43.5  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  26.67 
 
 		 359 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  28.32 
 
 		 361 aa  43.1  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.04 
 
 		 373 aa  42.7  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  24.46 
 
 		 318 aa  43.1  0.007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>