55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0869 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0869  putative cytosine-specific methyltransferase protein  100 
 
 		 194 aa  395  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0279649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1541  methyltransferase, putative  75 
 
 		 306 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0775006 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2321  C-5 cytosine-specific DNA methylase  67.84 
 
 		 287 aa  244  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.343948  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3594  C-5 cytosine-specific DNA methylase  70.3 
 
 		 380 aa  231  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0665  C-5 cytosine-specific DNA methylase  47.49 
 
 		 446 aa  185  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  34.27 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  34.27 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.35 
 
 		 251 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4216  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.78 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.757892  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.65 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  35.87 
 
 		 318 aa  58.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  31.53 
 
 		 467 aa  57.4  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6177  DNA-cytosine methyltransferase  35.25 
 
 		 390 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  32.99 
 
 		 359 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 		 338 aa  53.9  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  30.63 
 
 		 652 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  29 
 
 		 329 aa  52.4  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  37.76 
 
 		 283 aa  52  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  25.88 
 
 		 329 aa  50.1  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  24.02 
 
 		 327 aa  50.1  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  46.81 
 
 		 399 aa  49.7  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  27.62 
 
 		 416 aa  46.6  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.28 
 
 		 345 aa  46.2  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 460 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  38.6 
 
 		 393 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 460 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  27.36 
 
 		 360 aa  46.2  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  27.84 
 
 		 423 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.68 
 
 		 362 aa  45.4  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  26.45 
 
 		 500 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  42.55 
 
 		 437 aa  45.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  31.82 
 
 		 657 aa  45.4  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  26.67 
 
 		 336 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  27.84 
 
 		 423 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  34.85 
 
 		 399 aa  44.7  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  24.37 
 
 		 465 aa  44.3  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  30.1 
 
 		 313 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 		 308 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 632 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 		 324 aa  43.5  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  24.04 
 
 		 320 aa  43.9  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  29 
 
 		 319 aa  43.9  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.43 
 
 		 313 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  31.65 
 
 		 361 aa  42.7  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  28.35 
 
 		 406 aa  42.4  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  27.72 
 
 		 365 aa  42  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  30.21 
 
 		 418 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  23.96 
 
 		 337 aa  42  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  26.71 
 
 		 671 aa  41.6  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3372  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.11 
 
 		 502 aa  41.6  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  27.36 
 
 		 438 aa  41.6  0.008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  22.83 
 
 		 419 aa  41.2  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  40.43 
 
 		 395 aa  41.2  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 		 373 aa  41.2  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0330  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.18 
 
 		 253 aa  41.2  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0129199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>