More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4404 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 468 aa  963    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  66.12 
 
 		 476 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  67.88 
 
 		 434 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  67.15 
 
 		 470 aa  610  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  64.96 
 
 		 481 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  65.74 
 
 		 442 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  66.31 
 
 		 434 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  62.6 
 
 		 497 aa  590  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  65.17 
 
 		 428 aa  587  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  65.38 
 
 		 428 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  65.17 
 
 		 428 aa  587  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  66.52 
 
 		 461 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  64.59 
 
 		 436 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  61.16 
 
 		 427 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  63.15 
 
 		 435 aa  560  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  67.53 
 
 		 437 aa  553  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  63.09 
 
 		 467 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  65.59 
 
 		 435 aa  547  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  61.72 
 
 		 431 aa  545  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  59.44 
 
 		 427 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  59.87 
 
 		 427 aa  543  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  60.09 
 
 		 469 aa  543  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  59.44 
 
 		 427 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  59.23 
 
 		 427 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  59.44 
 
 		 442 aa  531  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  58.35 
 
 		 426 aa  513  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  59.74 
 
 		 425 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  55.7 
 
 		 425 aa  501  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 474 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  56.1 
 
 		 426 aa  490  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  56.08 
 
 		 433 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  53.66 
 
 		 425 aa  479  1e-134  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  53.45 
 
 		 430 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  53.23 
 
 		 430 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  53.04 
 
 		 430 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  54.74 
 
 		 423 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  51.72 
 
 		 424 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  51.08 
 
 		 430 aa  452  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  51.08 
 
 		 430 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  54.19 
 
 		 426 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  48.92 
 
 		 425 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  50.58 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  50.82 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  49.35 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  49.89 
 
 		 428 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  50.64 
 
 		 449 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 430 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 427 aa  426  1e-118  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 430 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  50.64 
 
 		 449 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  50.86 
 
 		 426 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  51.07 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 426 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  48.49 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  50.86 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  50.86 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  50.86 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  50.86 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  49.14 
 
 		 428 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  50.96 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  49.25 
 
 		 424 aa  418  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  48.81 
 
 		 427 aa  418  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  48.92 
 
 		 428 aa  418  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  48.71 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 426 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  49.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 426 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  49.68 
 
 		 428 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  49.25 
 
 		 431 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  49.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 431 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  48.92 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  50.93 
 
 		 427 aa  417  9.999999999999999e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  49.58 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2692  seryl-tRNA synthetase  50.53 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.730114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 433 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1844  seryl-tRNA synthetase  47.97 
 
 		 435 aa  415  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0308873  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  45.94 
 
 		 425 aa  413  1e-114  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  49.14 
 
 		 426 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  48.06 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  49.68 
 
 		 438 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 428 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 433 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0642  seryl-tRNA synthetase  47.74 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 433 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  49.57 
 
 		 427 aa  412  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  46.67 
 
 		 427 aa  412  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 424 aa  412  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  50.43 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 433 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  48.6 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  48.49 
 
 		 427 aa  411  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 433 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  46.24 
 
 		 424 aa  410  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  48.71 
 
 		 433 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  49.03 
 
 		 430 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  49.53 
 
 		 422 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>