More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2665 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  77.75 
 
 		 469 aa  678    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  75.88 
 
 		 442 aa  648    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  79.63 
 
 		 427 aa  710    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  77.75 
 
 		 427 aa  682    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  85.25 
 
 		 427 aa  768    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  84.31 
 
 		 427 aa  758    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 427 aa  884    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  72.62 
 
 		 431 aa  626  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  64.83 
 
 		 436 aa  572  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  64.3 
 
 		 425 aa  569  1e-161  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  64.15 
 
 		 428 aa  551  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  63.7 
 
 		 435 aa  550  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  63.68 
 
 		 428 aa  544  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  63.68 
 
 		 428 aa  543  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  63.12 
 
 		 426 aa  544  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  62.5 
 
 		 461 aa  541  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  62.76 
 
 		 434 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  59.23 
 
 		 468 aa  535  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  62.99 
 
 		 434 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  57.44 
 
 		 476 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  58 
 
 		 470 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  61.1 
 
 		 442 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  63.13 
 
 		 437 aa  512  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  60.52 
 
 		 426 aa  511  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  59.1 
 
 		 430 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 430 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  60.88 
 
 		 435 aa  502  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  60.27 
 
 		 467 aa  504  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  55.95 
 
 		 481 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  58.63 
 
 		 430 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  59.48 
 
 		 425 aa  495  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  58.02 
 
 		 425 aa  493  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  59.31 
 
 		 433 aa  489  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  58.63 
 
 		 424 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  53.4 
 
 		 474 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  58.39 
 
 		 423 aa  484  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  55.56 
 
 		 430 aa  477  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  55.85 
 
 		 430 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  55.79 
 
 		 430 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  55.81 
 
 		 426 aa  448  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  53.88 
 
 		 431 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 425 aa  441  9.999999999999999e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 426 aa  441  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  54.35 
 
 		 426 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  52.33 
 
 		 427 aa  435  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 426 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0584  seryl-tRNA synthetase  49.3 
 
 		 423 aa  435  1e-121  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  54.29 
 
 		 426 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  53.07 
 
 		 427 aa  436  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  51.54 
 
 		 427 aa  433  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  53.04 
 
 		 426 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  53.83 
 
 		 426 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  53.04 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  51.26 
 
 		 434 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  50.58 
 
 		 433 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 426 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  50.58 
 
 		 433 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  50.58 
 
 		 433 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00897  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.210113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  50.47 
 
 		 428 aa  425  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 426 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  50.93 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 426 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0454  seryl-tRNA synthetase  49.53 
 
 		 423 aa  427  1e-118  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.730155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  48.8 
 
 		 497 aa  428  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 426 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  50.35 
 
 		 433 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1055  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00904  hypothetical protein  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.178726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  51.74 
 
 		 430 aa  427  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  49.76 
 
 		 432 aa  426  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 426 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  51.41 
 
 		 428 aa  427  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000020455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2703  seryl-tRNA synthetase  51.85 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.48584  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0997  seryl-tRNA synthetase  51.39 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.964875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  51.39 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  50.7 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  52.79 
 
 		 427 aa  423  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  50.67 
 
 		 449 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  51.87 
 
 		 427 aa  422  1e-117  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  51.73 
 
 		 430 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  51.39 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  51.73 
 
 		 430 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  50.23 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  50.67 
 
 		 449 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0695  seryl-tRNA synthetase  50.69 
 
 		 435 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  51.73 
 
 		 430 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  50.58 
 
 		 428 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  51.39 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  50.12 
 
 		 433 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  50.47 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  49.88 
 
 		 428 aa  418  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1618  seryl-tRNA synthetase  51.4 
 
 		 427 aa  421  1e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.697706 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  49.65 
 
 		 428 aa  418  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>