More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1863 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  76.51 
 
 		 430 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  76.74 
 
 		 430 aa  679    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 431 aa  875    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  76.51 
 
 		 430 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  74.42 
 
 		 430 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 		 430 aa  622  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 		 430 aa  608  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  62.62 
 
 		 426 aa  529  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  59.67 
 
 		 427 aa  510  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  59.67 
 
 		 469 aa  510  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  57.65 
 
 		 425 aa  499  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  59.49 
 
 		 442 aa  497  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  60.28 
 
 		 426 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 423 aa  484  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  58.12 
 
 		 428 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  57.88 
 
 		 428 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  56.48 
 
 		 431 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  56.65 
 
 		 434 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  57.18 
 
 		 428 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  52.43 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  56.21 
 
 		 424 aa  466  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  53.05 
 
 		 425 aa  464  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  60.33 
 
 		 425 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  54.92 
 
 		 442 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  57.34 
 
 		 434 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  54.55 
 
 		 427 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  54.35 
 
 		 427 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  52.37 
 
 		 435 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  54.86 
 
 		 427 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  53.91 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  52.18 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  53.72 
 
 		 424 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  52.26 
 
 		 470 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  54.88 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  53.69 
 
 		 436 aa  444  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  53.85 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1560  seryl-tRNA synthetase  53.29 
 
 		 431 aa  442  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  54.88 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 461 aa  441  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00897  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.210113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1055  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2703  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.48584  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  53.38 
 
 		 426 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  54.65 
 
 		 426 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  440  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00904  hypothetical protein  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.178726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  54.65 
 
 		 426 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  53.35 
 
 		 433 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  53.15 
 
 		 426 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  50.93 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  50.7 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  50.93 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  50.47 
 
 		 428 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  50.7 
 
 		 428 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  53.9 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  53.9 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0997  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.964875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  51.53 
 
 		 427 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  53.9 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  51.4 
 
 		 428 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  53.65 
 
 		 428 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  53.15 
 
 		 426 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 433 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  53.4 
 
 		 428 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 425 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  52.42 
 
 		 433 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 433 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  50.93 
 
 		 428 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  50.7 
 
 		 428 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1077  seryl-tRNA synthetase  52.35 
 
 		 430 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 433 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  52.6 
 
 		 438 aa  428  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  52.33 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 426 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  52.33 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 433 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  51.28 
 
 		 428 aa  428  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1844  seryl-tRNA synthetase  49.65 
 
 		 435 aa  431  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0308873  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  51.69 
 
 		 432 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  52.07 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  52.33 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  48.6 
 
 		 468 aa  428  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  52.42 
 
 		 433 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  52.45 
 
 		 426 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01800  seryl-tRNA synthetase  48.74 
 
 		 435 aa  427  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  52.22 
 
 		 426 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003876  seryl-tRNA synthetase  48.74 
 
 		 435 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00729663  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0886  seryl-tRNA synthetase  54.01 
 
 		 429 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.609092 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  51.98 
 
 		 426 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2755  seryl-tRNA synthetase  52.1 
 
 		 426 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.958971  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  51.96 
 
 		 433 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  51.96 
 
 		 433 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1417  seryl-tRNA synthetase  51.16 
 
 		 430 aa  425  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>