More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1791 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  78.42 
 
 		 434 aa  716    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  74.15 
 
 		 497 aa  713    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  77.09 
 
 		 442 aa  734    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  79.21 
 
 		 476 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  76.76 
 
 		 481 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  78.8 
 
 		 434 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 470 aa  963    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  67.15 
 
 		 468 aa  615  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  64.18 
 
 		 435 aa  587  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  64.89 
 
 		 436 aa  585  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  64.24 
 
 		 428 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  64.24 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  64.67 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  65.88 
 
 		 467 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  66.88 
 
 		 461 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  65.95 
 
 		 435 aa  553  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  66.38 
 
 		 437 aa  551  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  58.64 
 
 		 427 aa  541  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  58.21 
 
 		 427 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  59.36 
 
 		 427 aa  532  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  59.57 
 
 		 469 aa  534  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  57.57 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  58 
 
 		 427 aa  528  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  58.72 
 
 		 442 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  58.26 
 
 		 431 aa  511  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  56.21 
 
 		 474 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  55.25 
 
 		 425 aa  500  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  56.34 
 
 		 426 aa  494  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  54.06 
 
 		 430 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 425 aa  489  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  54.64 
 
 		 430 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  54.43 
 
 		 430 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  57.11 
 
 		 426 aa  486  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  53.96 
 
 		 425 aa  482  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  54.6 
 
 		 433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  53.08 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  52.35 
 
 		 424 aa  458  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  52.58 
 
 		 423 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  52.27 
 
 		 430 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  52.26 
 
 		 431 aa  440  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  48.83 
 
 		 427 aa  425  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  46.53 
 
 		 425 aa  424  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  48.72 
 
 		 424 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  50.53 
 
 		 449 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  47.12 
 
 		 433 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  0.00000188332 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  50.53 
 
 		 449 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  47.68 
 
 		 432 aa  425  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  47.74 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  50.32 
 
 		 438 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  48.07 
 
 		 430 aa  416  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  49.15 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  47.32 
 
 		 424 aa  412  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  48.93 
 
 		 426 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  48.94 
 
 		 428 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  49.04 
 
 		 426 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  48.5 
 
 		 426 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  48.29 
 
 		 426 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  46.79 
 
 		 427 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  48.4 
 
 		 427 aa  409  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  48.72 
 
 		 426 aa  411  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  45.61 
 
 		 427 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  47.65 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  47.65 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  47.65 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 426 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 428 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3994  seryl-tRNA synthetase  47.68 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  47.11 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1547  seryl-tRNA synthetase  50.34 
 
 		 424 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 426 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 428 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  48.08 
 
 		 426 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  48.08 
 
 		 426 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  45.82 
 
 		 428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000020455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  47.44 
 
 		 428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  48.61 
 
 		 426 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 430 aa  406  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3916  seryl-tRNA synthetase  47.26 
 
 		 435 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.599878  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1339  seryl-tRNA synthetase  47.2 
 
 		 423 aa  403  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0130081  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  46.9 
 
 		 425 aa  405  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  47.44 
 
 		 428 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1278  seryl-tRNA synthetase  47.2 
 
 		 423 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.483732  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  47.44 
 
 		 430 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  45.51 
 
 		 423 aa  403  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  47.26 
 
 		 435 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  48.08 
 
 		 430 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  47.65 
 
 		 428 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  46.79 
 
 		 423 aa  402  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  47.1 
 
 		 424 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  46.79 
 
 		 428 aa  405  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1560  seryl-tRNA synthetase  47.64 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  47.01 
 
 		 425 aa  404  1e-111  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>