More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2517 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  66.8 
 
 		 497 aa  639    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  78.97 
 
 		 476 aa  759    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 481 aa  994    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  79.05 
 
 		 434 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  71.82 
 
 		 442 aa  685    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  76.76 
 
 		 470 aa  724    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  77.59 
 
 		 434 aa  719    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  64.96 
 
 		 468 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  62.86 
 
 		 436 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  63.67 
 
 		 467 aa  567  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  62.21 
 
 		 428 aa  565  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  64.79 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  62 
 
 		 428 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  60.91 
 
 		 435 aa  561  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  61.8 
 
 		 428 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 437 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  62.92 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  56.78 
 
 		 427 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  56.78 
 
 		 427 aa  525  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  56.58 
 
 		 427 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  56.88 
 
 		 427 aa  515  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  55.95 
 
 		 427 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  56.04 
 
 		 442 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  55.99 
 
 		 431 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  55.58 
 
 		 474 aa  496  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  54.68 
 
 		 426 aa  488  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  52.82 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  52.71 
 
 		 425 aa  483  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  53.67 
 
 		 425 aa  458  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  51.43 
 
 		 433 aa  451  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  51.04 
 
 		 423 aa  450  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  447  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  52.08 
 
 		 426 aa  444  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  49.38 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  49.26 
 
 		 430 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  49.38 
 
 		 430 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  49.05 
 
 		 430 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 425 aa  417  9.999999999999999e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  47.71 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  48.96 
 
 		 449 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  48.37 
 
 		 426 aa  412  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  48.96 
 
 		 449 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  48.37 
 
 		 426 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  45.95 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  50.94 
 
 		 431 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  48.63 
 
 		 430 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 426 aa  411  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  46.35 
 
 		 423 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  47.08 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  46.15 
 
 		 425 aa  402  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0454  seryl-tRNA synthetase  44.4 
 
 		 423 aa  403  1e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.730155  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0180  seryl-tRNA synthetase  48.76 
 
 		 456 aa  402  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.420284  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0584  seryl-tRNA synthetase  45.02 
 
 		 423 aa  405  1e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  47.08 
 
 		 428 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  45.62 
 
 		 424 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3916  seryl-tRNA synthetase  46.69 
 
 		 435 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.599878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  0.00000188332 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  46.57 
 
 		 427 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 426 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  46.36 
 
 		 424 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  44.79 
 
 		 427 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3994  seryl-tRNA synthetase  46.9 
 
 		 435 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 438 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 438 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0021  seryl-tRNA synthetase  44.68 
 
 		 427 aa  395  1e-109  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.410192  hitchhiker  0.00000214163 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  46.8 
 
 		 435 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  47.92 
 
 		 426 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  45.42 
 
 		 427 aa  398  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  46.69 
 
 		 428 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  46.9 
 
 		 428 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 425 aa  393  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  45.53 
 
 		 428 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  46.97 
 
 		 426 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1339  seryl-tRNA synthetase  45.59 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0130081  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1278  seryl-tRNA synthetase  45.59 
 
 		 423 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.483732  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 428 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  45.62 
 
 		 428 aa  391  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  46.38 
 
 		 428 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  45.62 
 
 		 435 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  46.46 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  45.42 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  46.99 
 
 		 427 aa  392  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1036  seryl-tRNA synthetase  46.35 
 
 		 427 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  45.32 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  44.47 
 
 		 422 aa  390  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1547  seryl-tRNA synthetase  48.42 
 
 		 424 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  45.21 
 
 		 423 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  46.38 
 
 		 428 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  46.38 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  43.63 
 
 		 423 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  46.35 
 
 		 430 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>