More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1776 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00897  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.210113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  639    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  83.41 
 
 
428 aa  759    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1077  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  83.41 
 
 
428 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  80.61 
 
 
428 aa  743    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 
428 aa  884    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00904  hypothetical protein  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.178726  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  83.18 
 
 
428 aa  762    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1666  seryl-tRNA synthetase  69.63 
 
 
428 aa  642    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.746595  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  82.94 
 
 
428 aa  759    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1417  seryl-tRNA synthetase  69.77 
 
 
430 aa  637    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  82.48 
 
 
428 aa  753    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  80.61 
 
 
428 aa  729    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  83.18 
 
 
428 aa  762    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2703  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.48584  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  80.37 
 
 
428 aa  728    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  83.64 
 
 
428 aa  761    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  83.64 
 
 
428 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  78.04 
 
 
428 aa  717    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  82.71 
 
 
428 aa  759    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  82.48 
 
 
428 aa  752    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1055  seryl-tRNA synthetase  71.16 
 
 
430 aa  642    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208173  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02111  seryl-tRNA synthetase  72.54 
 
 
430 aa  650    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000240259  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  83.64 
 
 
428 aa  761    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0997  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.964875  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1844  seryl-tRNA synthetase  69.89 
 
 
435 aa  631  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0308873  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  69.53 
 
 
430 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  69.53 
 
 
430 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  69.53 
 
 
430 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1990  seryl-tRNA synthetase  68.91 
 
 
431 aa  625  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2456  seryl-tRNA synthetase  67.13 
 
 
432 aa  625  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00287072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  68.37 
 
 
430 aa  623  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003876  seryl-tRNA synthetase  68.05 
 
 
435 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00729663  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1075  seryl-tRNA synthetase  68.76 
 
 
429 aa  621  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0171622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  66.44 
 
 
435 aa  621  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01800  seryl-tRNA synthetase  68.05 
 
 
435 aa  624  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1722  seryl-tRNA synthetase  67.75 
 
 
431 aa  619  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2257  seryl-tRNA synthetase  68.68 
 
 
431 aa  618  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2353  seryl-tRNA synthetase  68.45 
 
 
431 aa  617  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2755  seryl-tRNA synthetase  66.43 
 
 
426 aa  598  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.958971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  66.28 
 
 
427 aa  596  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
426 aa  589  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0695  seryl-tRNA synthetase  65.13 
 
 
435 aa  588  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  64.32 
 
 
426 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  64.95 
 
 
426 aa  588  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  63.85 
 
 
426 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  64.34 
 
 
426 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  64.08 
 
 
426 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  66.51 
 
 
432 aa  585  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
426 aa  587  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3038  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2118  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1986  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3072  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0946131  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  62.38 
 
 
433 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  63.62 
 
 
426 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  64.72 
 
 
424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  63.32 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0642  seryl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
432 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  63.87 
 
 
426 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  63.08 
 
 
431 aa  580  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  63.66 
 
 
434 aa  580  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  63.08 
 
 
431 aa  579  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  63.99 
 
 
438 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
433 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2337  seryl-tRNA synthetase  64.12 
 
 
438 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.252974 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  62.38 
 
 
433 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  61.92 
 
 
433 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1189  seryl-tRNA synthetase  64.94 
 
 
426 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.520559  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  63.87 
 
 
426 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  64.1 
 
 
426 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  63.07 
 
 
438 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  61.92 
 
 
433 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
433 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
433 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  63.93 
 
 
427 aa  568  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  62.85 
 
 
430 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2315  seryl-tRNA synthetase  63.23 
 
 
425 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00701941  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0886  seryl-tRNA synthetase  62.41 
 
 
429 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.609092 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3767  seryl-tRNA synthetase  62.84 
 
 
439 aa  555  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1971  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
427 aa  555  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.140828  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1547  seryl-tRNA synthetase  60.42 
 
 
424 aa  554  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1908  seryl-tRNA synthetase  64.14 
 
 
438 aa  552  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301857  hitchhiker  0.00000878717 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1697  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 
426 aa  552  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  61.03 
 
 
428 aa  551  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000020455  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0575  seryl-tRNA synthetase  60.24 
 
 
426 aa  545  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0551  seryl-tRNA synthetase  60.24 
 
 
426 aa  545  1e-154  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0768  seryl-tRNA synthetase  61.63 
 
 
428 aa  547  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0579537  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0953  seryl-tRNA synthetase  61.43 
 
 
468 aa  547  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.37183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>