More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2742 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  70.52 
 
 		 497 aa  679    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  84.45 
 
 		 434 aa  788    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 476 aa  979    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  74.32 
 
 		 442 aa  712    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  78.97 
 
 		 481 aa  737    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  84 
 
 		 434 aa  802    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  79.21 
 
 		 470 aa  763    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  66.12 
 
 		 468 aa  624  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  64.21 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  64.21 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  64.36 
 
 		 436 aa  598  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  66.67 
 
 		 461 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  62.74 
 
 		 428 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  62.89 
 
 		 435 aa  580  1e-164  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  63.5 
 
 		 467 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 		 435 aa  552  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  59.54 
 
 		 427 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  64.63 
 
 		 437 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  58.58 
 
 		 469 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  57.02 
 
 		 427 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  58.37 
 
 		 427 aa  538  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  57.02 
 
 		 427 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  57.44 
 
 		 427 aa  528  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  58.16 
 
 		 442 aa  524  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  57.29 
 
 		 431 aa  514  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 426 aa  510  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  54.95 
 
 		 425 aa  509  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 474 aa  511  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  57.72 
 
 		 425 aa  491  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  56.14 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  53.26 
 
 		 425 aa  488  1e-136  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  52.23 
 
 		 430 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  52.23 
 
 		 430 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  51.26 
 
 		 430 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  53.5 
 
 		 433 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  52.74 
 
 		 423 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  52.31 
 
 		 424 aa  468  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  50.11 
 
 		 430 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  50.96 
 
 		 430 aa  456  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  52.43 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  45.93 
 
 		 425 aa  432  1e-120  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  49.89 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  49.89 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  48.74 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1477  seryl-tRNA synthetase  48.81 
 
 		 426 aa  424  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  48.81 
 
 		 426 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  47.17 
 
 		 427 aa  425  1e-117  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  48.32 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  46.75 
 
 		 433 aa  422  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  0.00000188332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  47.36 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0454  seryl-tRNA synthetase  44.86 
 
 		 423 aa  419  1e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.730155  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  46.85 
 
 		 424 aa  418  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  46.74 
 
 		 424 aa  419  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  47.9 
 
 		 428 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  46.46 
 
 		 432 aa  421  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  48.43 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  47.9 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  49.16 
 
 		 426 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  49.58 
 
 		 449 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  49.58 
 
 		 449 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  48.64 
 
 		 426 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  48.54 
 
 		 426 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  47.38 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  47.9 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  48 
 
 		 426 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0584  seryl-tRNA synthetase  44.86 
 
 		 423 aa  417  9.999999999999999e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  48.31 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  48.84 
 
 		 438 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  48.11 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  48.95 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  47.9 
 
 		 428 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  46.74 
 
 		 425 aa  413  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  45.26 
 
 		 427 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  48.95 
 
 		 426 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  47.8 
 
 		 428 aa  415  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  48.22 
 
 		 427 aa  415  1e-114  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  49.16 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3916  seryl-tRNA synthetase  47 
 
 		 435 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.599878  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3994  seryl-tRNA synthetase  47.62 
 
 		 435 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  46.43 
 
 		 425 aa  409  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  47.4 
 
 		 426 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0180  seryl-tRNA synthetase  48.78 
 
 		 456 aa  411  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.420284  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  48.63 
 
 		 438 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003876  seryl-tRNA synthetase  46.5 
 
 		 435 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00729663  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  45.96 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  44.84 
 
 		 422 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01800  seryl-tRNA synthetase  46.28 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 423 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  47.2 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1278  seryl-tRNA synthetase  46.4 
 
 		 423 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.483732  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  44.33 
 
 		 424 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  47.19 
 
 		 426 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  46.32 
 
 		 423 aa  405  1.0000000000000001e-112  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  46.22 
 
 		 425 aa  408  1.0000000000000001e-112  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  45.8 
 
 		 423 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>