255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4654 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  100 
 
 
389 aa  795    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  58.46 
 
 
388 aa  458  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  56.56 
 
 
389 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.22 
 
 
388 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  50 
 
 
388 aa  391  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.74 
 
 
389 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  50.26 
 
 
389 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.45 
 
 
388 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.48 
 
 
388 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.96 
 
 
389 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.48 
 
 
388 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.96 
 
 
388 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  48.96 
 
 
388 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.52 
 
 
387 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.48 
 
 
388 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.23 
 
 
389 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.96 
 
 
388 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 
387 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  47.93 
 
 
387 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  50.65 
 
 
388 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.7 
 
 
388 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  50.26 
 
 
387 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.26 
 
 
387 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.81 
 
 
388 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.48 
 
 
387 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.7 
 
 
387 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.93 
 
 
387 aa  364  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  48.52 
 
 
379 aa  351  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.51 
 
 
388 aa  338  7e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.65 
 
 
388 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.18 
 
 
386 aa  282  9e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.78 
 
 
388 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.78 
 
 
388 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  42.67 
 
 
388 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.93 
 
 
386 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  41.9 
 
 
389 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.91 
 
 
386 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.3 
 
 
373 aa  86.3  9e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.17 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.04 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  22.16 
 
 
384 aa  84  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.38 
 
 
366 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.82 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
366 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.61 
 
 
369 aa  79.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.89 
 
 
369 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.45 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.89 
 
 
377 aa  78.2  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  26.76 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.27 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.33 
 
 
366 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  33.33 
 
 
366 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.42 
 
 
426 aa  73.6  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.93 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.68 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.07 
 
 
381 aa  70.5  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.8 
 
 
366 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.94 
 
 
375 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.72 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.73 
 
 
379 aa  67.8  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.46 
 
 
367 aa  66.6  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.79 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  30.48 
 
 
431 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.53 
 
 
425 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.61 
 
 
425 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 
470 aa  65.1  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.98 
 
 
362 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.61 
 
 
425 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.61 
 
 
425 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.22 
 
 
378 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.77 
 
 
396 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  26.11 
 
 
359 aa  64.7  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.23 
 
 
425 aa  64.3  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
425 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.5 
 
 
453 aa  64.7  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.95 
 
 
363 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
435 aa  63.9  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.18 
 
 
425 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.18 
 
 
425 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.18 
 
 
425 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.18 
 
 
434 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.55 
 
 
398 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.17 
 
 
425 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.67 
 
 
371 aa  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.55 
 
 
398 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.71 
 
 
358 aa  63.5  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.55 
 
 
398 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.09 
 
 
375 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.55 
 
 
398 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.6 
 
 
384 aa  63.5  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  26.44 
 
 
361 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.15 
 
 
373 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.63 
 
 
378 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.84 
 
 
398 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.16 
 
 
427 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0415  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.38 
 
 
364 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.868395  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4176  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.61 
 
 
376 aa  62.4  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>