More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4176 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4176  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
376 aa  728    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.28 
 
 
384 aa  322  6e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.01 
 
 
365 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.01 
 
 
365 aa  285  8e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.01 
 
 
365 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.19 
 
 
367 aa  276  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.37 
 
 
363 aa  277  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.76 
 
 
366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.76 
 
 
366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  46.15 
 
 
382 aa  272  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.62 
 
 
373 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2719  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  45.63 
 
 
362 aa  268  8.999999999999999e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.81 
 
 
380 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.59 
 
 
366 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.06 
 
 
366 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  46.32 
 
 
366 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.32 
 
 
366 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0415  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.09 
 
 
364 aa  262  8e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.868395  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  45.66 
 
 
364 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.63 
 
 
366 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2088  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.27 
 
 
364 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0445619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  38.34 
 
 
359 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.84 
 
 
378 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  34.33 
 
 
383 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 
374 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
370 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.15 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.68 
 
 
369 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
377 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.12 
 
 
386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
377 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.67 
 
 
351 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.53 
 
 
381 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
369 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.82 
 
 
367 aa  123  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.87 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.62 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
392 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.22 
 
 
362 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.29 
 
 
378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.56 
 
 
376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.78 
 
 
385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
390 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0288  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.44 
 
 
284 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.7 
 
 
381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.18 
 
 
381 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.38 
 
 
379 aa  117  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.18 
 
 
398 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.64 
 
 
358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.18 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.36 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.11 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  28.61 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.76 
 
 
389 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.19 
 
 
369 aa  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  27.35 
 
 
391 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 
370 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.79 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.27 
 
 
390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.93 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.27 
 
 
375 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  32.78 
 
 
361 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  27.06 
 
 
391 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.64 
 
 
366 aa  109  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
421 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.3 
 
 
390 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.86 
 
 
371 aa  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.95 
 
 
378 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.22 
 
 
390 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.49 
 
 
398 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.49 
 
 
398 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.49 
 
 
398 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  35.5 
 
 
362 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.49 
 
 
398 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
396 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.77 
 
 
364 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.64 
 
 
378 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.77 
 
 
383 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.99 
 
 
390 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
398 aa  105  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.11 
 
 
390 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  32.48 
 
 
360 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.3 
 
 
390 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
390 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
390 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.03 
 
 
389 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.83 
 
 
390 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.43 
 
 
364 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
369 aa  103  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.72 
 
 
370 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.87 
 
 
372 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.87 
 
 
372 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
389 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.31 
 
 
382 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.88 
 
 
403 aa  100  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
396 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.8 
 
 
385 aa  99.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 
396 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0935  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.33 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.152576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>