More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0536 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
364 aa  729    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  97.8 
 
 
364 aa  686    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  42.58 
 
 
361 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  42.98 
 
 
360 aa  279  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  39.94 
 
 
359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.94 
 
 
390 aa  172  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.8 
 
 
375 aa  170  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.71 
 
 
375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.06 
 
 
379 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.42 
 
 
370 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.5 
 
 
381 aa  160  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.33 
 
 
398 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.33 
 
 
398 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.33 
 
 
398 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.33 
 
 
398 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.12 
 
 
421 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.45 
 
 
371 aa  153  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 
398 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 
398 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.18 
 
 
383 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 
396 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.42 
 
 
398 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.11 
 
 
376 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.45 
 
 
370 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 
385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.85 
 
 
372 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.35 
 
 
383 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.09 
 
 
369 aa  144  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.54 
 
 
372 aa  142  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.63 
 
 
369 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.16 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.89 
 
 
396 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.89 
 
 
396 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.79 
 
 
358 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.07 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.91 
 
 
362 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
378 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.5 
 
 
378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4061  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.73 
 
 
375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  31.15 
 
 
359 aa  126  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.85 
 
 
381 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.47 
 
 
384 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5519  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.38 
 
 
381 aa  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
367 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.56 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.15 
 
 
374 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.27 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.25 
 
 
392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
382 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.3 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.72 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
377 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
362 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0941  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.37 
 
 
389 aa  109  9.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.748604  normal  0.464463 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.63 
 
 
363 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.63 
 
 
389 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.72 
 
 
366 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.64 
 
 
365 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 
372 aa  106  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.01 
 
 
381 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5120  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.25 
 
 
369 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  0.114753 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.94 
 
 
382 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.09 
 
 
380 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.37 
 
 
370 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.13 
 
 
378 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.61 
 
 
384 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.32 
 
 
378 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
380 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.52 
 
 
412 aa  100  5e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1847  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
382 aa  99.4  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.232727  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0121  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
392 aa  98.2  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.226806  normal  0.0192494 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.42 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.72 
 
 
367 aa  97.4  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.46 
 
 
366 aa  97.1  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4176  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.39 
 
 
376 aa  97.1  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
389 aa  97.1  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.05 
 
 
379 aa  96.3  7e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  30.75 
 
 
366 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.75 
 
 
366 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
389 aa  96.3  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5700  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.03 
 
 
382 aa  95.9  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  0.376406 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.75 
 
 
366 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.26 
 
 
386 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.71 
 
 
370 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.25 
 
 
390 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.27 
 
 
387 aa  94  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.46 
 
 
366 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.41 
 
 
367 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 
383 aa  93.6  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
384 aa  93.6  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.86 
 
 
385 aa  93.6  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.59 
 
 
365 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.59 
 
 
365 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.21 
 
 
401 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5741  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.37 
 
 
386 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.83 
 
 
390 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.75 
 
 
412 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.83 
 
 
390 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>