More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0435 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  86.83 
 
 
421 aa  684    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
383 aa  783    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.37 
 
 
385 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.13 
 
 
378 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.86 
 
 
378 aa  578  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.71 
 
 
381 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.54 
 
 
390 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.87 
 
 
398 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.07 
 
 
398 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.02 
 
 
398 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.02 
 
 
398 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.81 
 
 
398 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.02 
 
 
398 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.02 
 
 
398 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.09 
 
 
396 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.38 
 
 
375 aa  528  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.57 
 
 
375 aa  523  1e-147  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.76 
 
 
396 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.22 
 
 
396 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.58 
 
 
379 aa  500  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.38 
 
 
369 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.59 
 
 
370 aa  210  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  37.18 
 
 
362 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  38.98 
 
 
372 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  38.66 
 
 
372 aa  206  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.65 
 
 
371 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.46 
 
 
369 aa  203  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.55 
 
 
370 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.76 
 
 
376 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34 
 
 
384 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  39.63 
 
 
359 aa  187  4e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.42 
 
 
369 aa  186  6e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.46 
 
 
381 aa  182  9.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.3 
 
 
370 aa  180  4.999999999999999e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.9 
 
 
367 aa  177  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.13 
 
 
373 aa  173  5e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  31.86 
 
 
383 aa  173  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.6 
 
 
369 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31 
 
 
378 aa  170  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  40.21 
 
 
351 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.14 
 
 
362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.51 
 
 
377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.65 
 
 
379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.71 
 
 
389 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.24 
 
 
384 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.05 
 
 
374 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.14 
 
 
380 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.46 
 
 
364 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.47 
 
 
364 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.55 
 
 
373 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
401 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.26 
 
 
363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34 
 
 
372 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.55 
 
 
389 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.14 
 
 
391 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.38 
 
 
373 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.68 
 
 
366 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.95 
 
 
381 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.24 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  31.97 
 
 
359 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
388 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.19 
 
 
370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
403 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.33 
 
 
400 aa  133  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.43 
 
 
366 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.06 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.82 
 
 
388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  33.98 
 
 
361 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.97 
 
 
358 aa  126  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
390 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.82 
 
 
387 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  31.97 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.78 
 
 
411 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
372 aa  124  2e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.79 
 
 
364 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.39 
 
 
382 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.73 
 
 
366 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0121  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.8 
 
 
392 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.226806  normal  0.0192494 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  31.94 
 
 
502 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.03 
 
 
390 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.97 
 
 
378 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  30.5 
 
 
391 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.36 
 
 
384 aa  123  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  30.21 
 
 
401 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.92 
 
 
360 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
382 aa  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.09 
 
 
382 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3538  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.77 
 
 
400 aa  123  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.8 
 
 
425 aa  123  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.82 
 
 
382 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  30.51 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  30.92 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>