More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3538 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3538  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
400 aa  830    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.82 
 
 
384 aa  617  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.806293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3372  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.02 
 
 
384 aa  617  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0345  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.98 
 
 
384 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3868  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.2 
 
 
384 aa  604  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.41 
 
 
384 aa  600  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1877  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.92 
 
 
384 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2707  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.56 
 
 
384 aa  574  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.371679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3247  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  71.35 
 
 
388 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123279  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1091  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.81 
 
 
387 aa  423  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.08586 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1847  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.28 
 
 
382 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.232727  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1956  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  49.61 
 
 
385 aa  364  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0179909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1071  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.47 
 
 
369 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.001504  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5120  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.78 
 
 
369 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  0.114753 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2826  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.9 
 
 
391 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3925  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.54 
 
 
388 aa  168  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4458  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.66 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.33 
 
 
387 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.52 
 
 
376 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 
375 aa  135  9e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.15 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.84 
 
 
375 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.33 
 
 
384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.99 
 
 
390 aa  129  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.32 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.46 
 
 
377 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.12 
 
 
378 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.04 
 
 
381 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.93 
 
 
382 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
396 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  29.33 
 
 
382 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.08 
 
 
388 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.77 
 
 
383 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3553  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.47 
 
 
385 aa  123  7e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.185517 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.78 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.48 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.84 
 
 
421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.76 
 
 
377 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.99 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 
398 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 
398 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.7 
 
 
396 aa  121  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 
398 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 
398 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  28.93 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.69 
 
 
410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.9 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.07 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.08 
 
 
379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.08 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  30.22 
 
 
382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.32 
 
 
398 aa  119  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.16 
 
 
373 aa  119  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  29.89 
 
 
382 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 
411 aa  119  9e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  27.58 
 
 
393 aa  119  9e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  28.3 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 
389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  30.22 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  28.33 
 
 
382 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.94 
 
 
398 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.18 
 
 
391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.03 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.85 
 
 
378 aa  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  28.07 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  28.02 
 
 
382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  28.02 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  29.09 
 
 
502 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  28.07 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  29.33 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  28.02 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  28.02 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  28.02 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  29.43 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.34 
 
 
370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.2 
 
 
369 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.7 
 
 
391 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.85 
 
 
403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.06 
 
 
390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.19 
 
 
382 aa  113  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.14 
 
 
396 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.44 
 
 
396 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.81 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.97 
 
 
370 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.53 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.18 
 
 
378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  30.84 
 
 
382 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  26.98 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.86 
 
 
373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.81 
 
 
369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.14 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.81 
 
 
369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>