More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3247 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3247  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  100 
 
 
388 aa  806    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1877  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.08 
 
 
384 aa  637    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
384 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.806293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3372  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
384 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3868  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.42 
 
 
384 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.89 
 
 
384 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0345  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.89 
 
 
384 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2707  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.16 
 
 
384 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.371679  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3538  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.35 
 
 
400 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1847  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.28 
 
 
382 aa  441  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.232727  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1091  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.52 
 
 
387 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.08586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1956  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  48.68 
 
 
385 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0179909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1071  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.05 
 
 
369 aa  201  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.001504  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5120  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.02 
 
 
369 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  0.114753 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2826  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.08 
 
 
391 aa  188  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3925  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 
388 aa  166  6.9999999999999995e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.12 
 
 
387 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.39 
 
 
384 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.02 
 
 
378 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4458  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.44 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 
369 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.5 
 
 
369 aa  130  6e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.36 
 
 
378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  28.97 
 
 
382 aa  126  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.69 
 
 
373 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3553  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.71 
 
 
385 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.185517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.31 
 
 
376 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
384 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  30.19 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.66 
 
 
389 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
388 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
375 aa  120  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.13 
 
 
369 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.13 
 
 
369 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 
375 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.77 
 
 
370 aa  119  9e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.73 
 
 
391 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  27.76 
 
 
382 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.89 
 
 
377 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.96 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.76 
 
 
396 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.65 
 
 
387 aa  116  7.999999999999999e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  27.02 
 
 
382 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  27.76 
 
 
382 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
398 aa  116  8.999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.5 
 
 
369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.81 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.81 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.81 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.81 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  28.45 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.16 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.2 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 
398 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.5 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  28.18 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.18 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.85 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  27.02 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.95 
 
 
369 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.44 
 
 
396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.74 
 
 
391 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  27.32 
 
 
382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.61 
 
 
369 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.61 
 
 
369 aa  113  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.99 
 
 
370 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.36 
 
 
396 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.49 
 
 
382 aa  113  6e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  27.82 
 
 
382 aa  113  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.47 
 
 
405 aa  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.3 
 
 
369 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  28.73 
 
 
382 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.01 
 
 
393 aa  112  9e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.14 
 
 
385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  27.09 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.01 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  28.17 
 
 
382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  27.5 
 
 
502 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  27.09 
 
 
382 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  25.78 
 
 
391 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.06 
 
 
396 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  25.98 
 
 
393 aa  110  6e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.09 
 
 
374 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.5 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.87 
 
 
409 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  29.01 
 
 
382 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
378 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.82 
 
 
396 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  26.82 
 
 
382 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.21 
 
 
390 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  26.82 
 
 
382 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  26.82 
 
 
382 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>