More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3263 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
378 aa  754    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.69 
 
 
378 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  80.49 
 
 
421 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  78.86 
 
 
383 aa  596  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.53 
 
 
385 aa  566  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.39 
 
 
390 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.48 
 
 
396 aa  511  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.13 
 
 
381 aa  514  1e-144  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.21 
 
 
398 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.94 
 
 
398 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.21 
 
 
398 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.21 
 
 
398 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.21 
 
 
398 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.21 
 
 
398 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.94 
 
 
398 aa  508  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.49 
 
 
375 aa  504  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.14 
 
 
375 aa  501  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.61 
 
 
379 aa  485  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.27 
 
 
396 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.54 
 
 
396 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  40.35 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.68 
 
 
370 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.23 
 
 
371 aa  216  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.39 
 
 
370 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.74 
 
 
376 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  35.04 
 
 
372 aa  212  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.83 
 
 
369 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.77 
 
 
372 aa  210  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.14 
 
 
369 aa  205  9e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.74 
 
 
367 aa  194  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  44.48 
 
 
359 aa  192  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.25 
 
 
381 aa  189  8e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.61 
 
 
373 aa  181  2e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  32.97 
 
 
383 aa  179  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.23 
 
 
378 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.94 
 
 
384 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  41.92 
 
 
351 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.41 
 
 
369 aa  177  2e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.96 
 
 
369 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.97 
 
 
370 aa  176  9e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.12 
 
 
377 aa  172  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.35 
 
 
379 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.57 
 
 
362 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.53 
 
 
374 aa  153  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.68 
 
 
380 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.36 
 
 
391 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.6 
 
 
373 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.47 
 
 
363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.88 
 
 
384 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.28 
 
 
364 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
372 aa  136  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.35 
 
 
366 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.35 
 
 
401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3538  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.12 
 
 
400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30 
 
 
364 aa  133  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.09 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.65 
 
 
390 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.97 
 
 
358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  29.28 
 
 
359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.38 
 
 
381 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.67 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.62 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  34.49 
 
 
366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.59 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.21 
 
 
384 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.62 
 
 
373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.49 
 
 
366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.68 
 
 
403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3399  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.43 
 
 
392 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.645647  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.94 
 
 
388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.22 
 
 
366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
366 aa  127  5e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.55 
 
 
378 aa  126  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 
372 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.43 
 
 
392 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  31.86 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
389 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.86 
 
 
382 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.06 
 
 
378 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6403  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.14 
 
 
392 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.14 
 
 
392 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.159226  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.98 
 
 
364 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.8 
 
 
392 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  29.22 
 
 
361 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.58 
 
 
370 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.38 
 
 
390 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.84 
 
 
413 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.34 
 
 
388 aa  124  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.38 
 
 
390 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.38 
 
 
390 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
392 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.09 
 
 
392 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.82 
 
 
366 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.08 
 
 
398 aa  122  8e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3372  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.806293  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>