More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3386 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  92.96 
 
 
398 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.93 
 
 
396 aa  767    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  92.96 
 
 
398 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.21 
 
 
398 aa  766    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
398 aa  817    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  92.96 
 
 
398 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  92.96 
 
 
398 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  98.74 
 
 
398 aa  811    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.09 
 
 
421 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.19 
 
 
375 aa  532  1e-150  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  67.81 
 
 
383 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.57 
 
 
375 aa  525  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.96 
 
 
390 aa  521  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.84 
 
 
385 aa  519  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.47 
 
 
378 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.03 
 
 
381 aa  507  9.999999999999999e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.3 
 
 
379 aa  499  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.95 
 
 
396 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.41 
 
 
396 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.94 
 
 
378 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.51 
 
 
370 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.78 
 
 
371 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.81 
 
 
376 aa  216  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  37.92 
 
 
362 aa  215  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.93 
 
 
369 aa  215  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.42 
 
 
369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.18 
 
 
372 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  33.9 
 
 
372 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.81 
 
 
370 aa  203  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.98 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  40.44 
 
 
359 aa  184  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.2 
 
 
384 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.96 
 
 
370 aa  181  2e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.69 
 
 
369 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  33.33 
 
 
383 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.14 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.1 
 
 
374 aa  173  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.73 
 
 
381 aa  172  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.77 
 
 
351 aa  171  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.51 
 
 
378 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.38 
 
 
377 aa  169  9e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.01 
 
 
367 aa  169  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.13 
 
 
362 aa  160  5e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.77 
 
 
373 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.62 
 
 
380 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.89 
 
 
378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  33.21 
 
 
359 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.87 
 
 
363 aa  145  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.1 
 
 
364 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.07 
 
 
364 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.57 
 
 
401 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 
379 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.38 
 
 
381 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.66 
 
 
384 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.53 
 
 
358 aa  143  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.9 
 
 
389 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.96 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.99 
 
 
389 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.54 
 
 
366 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.95 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.33 
 
 
388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.55 
 
 
387 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.88 
 
 
372 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.9 
 
 
388 aa  134  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.64 
 
 
366 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.86 
 
 
370 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  30.34 
 
 
431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.78 
 
 
389 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.19 
 
 
384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.67 
 
 
373 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.62 
 
 
390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.89 
 
 
390 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.17 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.02 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  33.73 
 
 
366 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 
390 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.73 
 
 
366 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.5 
 
 
409 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.72 
 
 
388 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.35 
 
 
405 aa  125  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.81 
 
 
403 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.72 
 
 
377 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.2 
 
 
388 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.85 
 
 
409 aa  122  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  29.48 
 
 
391 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  30.86 
 
 
361 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.21 
 
 
425 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  28.42 
 
 
388 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.11 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.94 
 
 
366 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0415  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.44 
 
 
364 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.868395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  29.74 
 
 
391 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.99 
 
 
425 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.99 
 
 
425 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>