More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3620 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 
388 aa  783    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.27 
 
 
388 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  62.01 
 
 
388 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.34 
 
 
389 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.6 
 
 
389 aa  498  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.08 
 
 
389 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.74 
 
 
388 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.01 
 
 
388 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.95 
 
 
388 aa  491  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.48 
 
 
388 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.42 
 
 
388 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.42 
 
 
388 aa  476  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.01 
 
 
388 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.21 
 
 
388 aa  471  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.21 
 
 
388 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.74 
 
 
387 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.21 
 
 
387 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.25 
 
 
387 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.1 
 
 
387 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.48 
 
 
387 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60 
 
 
389 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  61.21 
 
 
387 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.99 
 
 
387 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.21 
 
 
387 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  60.6 
 
 
379 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.27 
 
 
388 aa  449  1e-125  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  53.03 
 
 
388 aa  388  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.76 
 
 
389 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  50.65 
 
 
389 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.01 
 
 
386 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.88 
 
 
388 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.48 
 
 
386 aa  329  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  47.42 
 
 
388 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.07 
 
 
386 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  45.52 
 
 
389 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.83 
 
 
388 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.83 
 
 
388 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.33 
 
 
384 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.09 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.09 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.09 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.09 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.57 
 
 
398 aa  139  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.15 
 
 
398 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 
396 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.82 
 
 
383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.25 
 
 
375 aa  130  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.01 
 
 
385 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.7 
 
 
396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.01 
 
 
381 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.08 
 
 
421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.53 
 
 
375 aa  126  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.27 
 
 
390 aa  126  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 
396 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 
369 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.27 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.69 
 
 
378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.69 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.34 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.1 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
378 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  29.75 
 
 
383 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.03 
 
 
378 aa  109  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.24 
 
 
381 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.27 
 
 
370 aa  108  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.49 
 
 
381 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.16 
 
 
384 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.61 
 
 
378 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.97 
 
 
388 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.95 
 
 
362 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
377 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.11 
 
 
369 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.58 
 
 
366 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.31 
 
 
366 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.87 
 
 
380 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.54 
 
 
369 aa  100  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  34.66 
 
 
382 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.91 
 
 
387 aa  99.8  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.61 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  29.87 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.68 
 
 
371 aa  96.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.73 
 
 
366 aa  96.3  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.08 
 
 
376 aa  96.3  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.46 
 
 
369 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.7 
 
 
370 aa  95.5  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.14 
 
 
400 aa  92.8  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.25 
 
 
351 aa  92.8  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
382 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.89 
 
 
374 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  32.63 
 
 
361 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.26 
 
 
366 aa  90.9  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.66 
 
 
363 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.65 
 
 
382 aa  90.5  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.27 
 
 
385 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.48 
 
 
389 aa  90.9  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2719  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.51 
 
 
362 aa  90.1  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.43 
 
 
387 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.06 
 
 
405 aa  89  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>