More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5679 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  788    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  83.98 
 
 
388 aa  681    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.04 
 
 
388 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  78.29 
 
 
388 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
388 aa  635    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
388 aa  646    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
388 aa  638    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.8 
 
 
388 aa  752    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  90.46 
 
 
389 aa  729    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.72 
 
 
388 aa  684    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.52 
 
 
388 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  77.52 
 
 
388 aa  632  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.81 
 
 
387 aa  620  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  78.29 
 
 
387 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77 
 
 
387 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
387 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.78 
 
 
387 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  78.04 
 
 
379 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  75.97 
 
 
387 aa  606  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.19 
 
 
387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.94 
 
 
387 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.73 
 
 
389 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  69.95 
 
 
389 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.47 
 
 
389 aa  566  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.24 
 
 
388 aa  484  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  62.01 
 
 
388 aa  476  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  49.48 
 
 
388 aa  383  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  50.13 
 
 
389 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  48.7 
 
 
389 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.87 
 
 
388 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.71 
 
 
386 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.2 
 
 
386 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.8 
 
 
386 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  50.57 
 
 
388 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  50.57 
 
 
388 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  47.11 
 
 
389 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  48 
 
 
388 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.68 
 
 
384 aa  176  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
370 aa  117  5e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.95 
 
 
396 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.52 
 
 
390 aa  109  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
398 aa  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.13 
 
 
381 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.38 
 
 
398 aa  107  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
421 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.67 
 
 
383 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.87 
 
 
385 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.27 
 
 
378 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.78 
 
 
369 aa  103  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.56 
 
 
396 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31 
 
 
375 aa  103  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 
381 aa  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
377 aa  102  8e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.77 
 
 
389 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  27.49 
 
 
359 aa  99.8  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.11 
 
 
396 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.15 
 
 
375 aa  99.4  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.93 
 
 
367 aa  98.6  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.51 
 
 
387 aa  96.7  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
384 aa  96.3  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.12 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.52 
 
 
374 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
369 aa  94  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.94 
 
 
369 aa  93.6  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.72 
 
 
378 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.15 
 
 
362 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  35.26 
 
 
361 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.05 
 
 
379 aa  90.1  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
379 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 
381 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.42 
 
 
351 aa  87  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.37 
 
 
384 aa  86.7  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.11 
 
 
385 aa  86.3  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  24.35 
 
 
383 aa  86.3  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.87 
 
 
380 aa  85.9  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.49 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.92 
 
 
400 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.6 
 
 
398 aa  84.3  0.000000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.36 
 
 
405 aa  83.6  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.23 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2215  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.01 
 
 
378 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.133795  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.19 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.82 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.77 
 
 
388 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.2 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
453 aa  80.9  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.26 
 
 
389 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  34.94 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.6 
 
 
370 aa  80.5  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.44 
 
 
425 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.16 
 
 
382 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.55 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.14 
 
 
372 aa  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  26.42 
 
 
393 aa  77.8  0.0000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>