More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3481 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  82.01 
 
 
379 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  91.97 
 
 
387 aa  730    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.46 
 
 
387 aa  679    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.89 
 
 
387 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  88.63 
 
 
387 aa  701    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
387 aa  777    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  89.9 
 
 
387 aa  712    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  85.79 
 
 
387 aa  693    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.01 
 
 
387 aa  692    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.78 
 
 
388 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  74.42 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.39 
 
 
388 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.68 
 
 
388 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.49 
 
 
388 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.68 
 
 
388 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.55 
 
 
389 aa  596  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.9 
 
 
388 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.42 
 
 
388 aa  593  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  74.68 
 
 
388 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  71.91 
 
 
388 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.87 
 
 
388 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  71.39 
 
 
389 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.13 
 
 
389 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.88 
 
 
389 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  61.21 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.02 
 
 
388 aa  456  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  49.61 
 
 
388 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  50 
 
 
389 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.48 
 
 
389 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.89 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.85 
 
 
386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.33 
 
 
386 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.75 
 
 
386 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  50.9 
 
 
389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  53.03 
 
 
388 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  53.03 
 
 
388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  51.16 
 
 
388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.84 
 
 
384 aa  154  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.95 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.75 
 
 
398 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.47 
 
 
398 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.47 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.83 
 
 
370 aa  109  8.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.13 
 
 
369 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
396 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.94 
 
 
377 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28 
 
 
390 aa  107  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.04 
 
 
421 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.54 
 
 
373 aa  105  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
396 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.39 
 
 
375 aa  103  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.78 
 
 
375 aa  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
385 aa  103  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.79 
 
 
378 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.61 
 
 
383 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.68 
 
 
384 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.05 
 
 
378 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.86 
 
 
389 aa  99.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
378 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.99 
 
 
367 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  28.75 
 
 
431 aa  97.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.66 
 
 
383 aa  91.3  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 
453 aa  90.5  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.33 
 
 
381 aa  89.7  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.06 
 
 
351 aa  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.5 
 
 
389 aa  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
380 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.82 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.08 
 
 
437 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.1 
 
 
378 aa  87.8  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.12 
 
 
381 aa  87.4  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.38 
 
 
362 aa  86.7  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.52 
 
 
380 aa  85.9  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.8 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.66 
 
 
378 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.47 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.18 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.36 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.52 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  30.7 
 
 
439 aa  84.3  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  30.5 
 
 
359 aa  83.6  0.000000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.98 
 
 
373 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2215  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.133795  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.75 
 
 
388 aa  82.8  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.44 
 
 
400 aa  82.8  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.7 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.52 
 
 
405 aa  80.9  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
405 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.09 
 
 
434 aa  79.7  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.77 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.93 
 
 
369 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.42 
 
 
366 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.92 
 
 
444 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
453 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.99 
 
 
431 aa  78.2  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>