More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3339 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  790    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.8 
 
 
388 aa  752    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  83.25 
 
 
388 aa  674    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.79 
 
 
388 aa  688    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  78.55 
 
 
388 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  78.87 
 
 
388 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.09 
 
 
388 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.87 
 
 
388 aa  648    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.61 
 
 
388 aa  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.61 
 
 
388 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  92.29 
 
 
389 aa  741    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.61 
 
 
388 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.58 
 
 
387 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.8 
 
 
387 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.71 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  77 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.26 
 
 
387 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  75.45 
 
 
387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  76.78 
 
 
379 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.49 
 
 
387 aa  600  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.42 
 
 
387 aa  597  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.21 
 
 
389 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.47 
 
 
389 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  69.69 
 
 
389 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.53 
 
 
388 aa  481  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  61.21 
 
 
388 aa  471  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  50.26 
 
 
388 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  49.48 
 
 
389 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.85 
 
 
389 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.58 
 
 
388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
386 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.06 
 
 
386 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.45 
 
 
386 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.14 
 
 
388 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  46.32 
 
 
389 aa  308  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.14 
 
 
388 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  47.2 
 
 
388 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.15 
 
 
384 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.79 
 
 
373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.05 
 
 
370 aa  121  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.02 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.02 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.02 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.02 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.02 
 
 
398 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.77 
 
 
381 aa  112  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.9 
 
 
385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.02 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29 
 
 
390 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
398 aa  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.1 
 
 
377 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 
367 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.75 
 
 
369 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.26 
 
 
381 aa  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 
398 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.52 
 
 
378 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
375 aa  106  9e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.75 
 
 
421 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.42 
 
 
383 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
375 aa  105  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  28.75 
 
 
359 aa  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.74 
 
 
396 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.99 
 
 
396 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.93 
 
 
378 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.26 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.84 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.85 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.68 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.93 
 
 
378 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
384 aa  96.3  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.21 
 
 
369 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.8 
 
 
381 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.7 
 
 
362 aa  92.8  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  32.76 
 
 
361 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.68 
 
 
351 aa  90.1  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  24.35 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.31 
 
 
379 aa  87  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
379 aa  87  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.42 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.86 
 
 
369 aa  85.9  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.51 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.62 
 
 
398 aa  84.3  0.000000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.58 
 
 
385 aa  83.2  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.17 
 
 
389 aa  82.8  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.77 
 
 
400 aa  82  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.69 
 
 
426 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.19 
 
 
425 aa  80.9  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  34.91 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  29.09 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.54 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.72 
 
 
376 aa  79.7  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 
453 aa  79.3  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.64 
 
 
384 aa  79.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.05 
 
 
371 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.47 
 
 
382 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.57 
 
 
388 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.73 
 
 
356 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>