More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3440 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  80.93 
 
 
388 aa  653    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.72 
 
 
388 aa  684    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.79 
 
 
388 aa  688    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.03 
 
 
389 aa  676    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  796    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.77 
 
 
388 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.26 
 
 
388 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  75.71 
 
 
388 aa  624  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.74 
 
 
388 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.48 
 
 
388 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  75 
 
 
388 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.48 
 
 
388 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.77 
 
 
387 aa  608  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.23 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.26 
 
 
387 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  75.97 
 
 
387 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.9 
 
 
387 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  75.73 
 
 
379 aa  594  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.42 
 
 
387 aa  593  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  73.83 
 
 
387 aa  589  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.58 
 
 
387 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  69.95 
 
 
389 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.21 
 
 
389 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.47 
 
 
389 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  61.21 
 
 
388 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.95 
 
 
388 aa  457  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  48.45 
 
 
388 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  48.81 
 
 
389 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  47.31 
 
 
389 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.84 
 
 
388 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.35 
 
 
386 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.58 
 
 
386 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.23 
 
 
386 aa  322  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.43 
 
 
388 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  49.43 
 
 
388 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  45.79 
 
 
389 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  47.2 
 
 
388 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.83 
 
 
384 aa  155  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.86 
 
 
378 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
398 aa  109  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
396 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.09 
 
 
381 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 
373 aa  106  6e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
398 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
367 aa  104  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
370 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.24 
 
 
398 aa  103  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31 
 
 
377 aa  103  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  27.54 
 
 
359 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.3 
 
 
421 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.67 
 
 
390 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.2 
 
 
383 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.46 
 
 
381 aa  99  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.88 
 
 
369 aa  98.2  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.15 
 
 
379 aa  97.4  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
374 aa  95.9  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.34 
 
 
385 aa  94.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.94 
 
 
375 aa  94.7  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
378 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
375 aa  93.2  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.94 
 
 
383 aa  92.8  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.81 
 
 
396 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.03 
 
 
381 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.19 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
369 aa  90.9  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.04 
 
 
396 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.85 
 
 
384 aa  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.81 
 
 
351 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.9 
 
 
389 aa  86.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.21 
 
 
387 aa  86.3  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.72 
 
 
376 aa  86.3  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
380 aa  84.7  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.73 
 
 
369 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.38 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  25.41 
 
 
362 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.84 
 
 
362 aa  79.7  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.3 
 
 
379 aa  79.7  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.02 
 
 
385 aa  79.3  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.17 
 
 
400 aa  78.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
366 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2215  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.28 
 
 
378 aa  76.3  0.0000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.133795  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.9 
 
 
384 aa  76.3  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.36 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.09 
 
 
395 aa  75.9  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  31.05 
 
 
361 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  31.93 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
398 aa  75.5  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.27 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.76 
 
 
389 aa  73.2  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.77 
 
 
388 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  34 
 
 
381 aa  72.8  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.84 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.75 
 
 
389 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.25 
 
 
371 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>