More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4648 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  783    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.47 
 
 
388 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.47 
 
 
388 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  61.5 
 
 
388 aa  488  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.24 
 
 
388 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.69 
 
 
388 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.5 
 
 
388 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.24 
 
 
388 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.53 
 
 
388 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  60.21 
 
 
388 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.95 
 
 
389 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.05 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  59.69 
 
 
389 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.69 
 
 
389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.05 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.98 
 
 
387 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.02 
 
 
387 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.95 
 
 
388 aa  457  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  61.76 
 
 
387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.17 
 
 
387 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.27 
 
 
388 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.24 
 
 
387 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.79 
 
 
387 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.5 
 
 
387 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.66 
 
 
387 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  60.16 
 
 
379 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  46.51 
 
 
388 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  46.51 
 
 
389 aa  338  7e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.27 
 
 
389 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.1 
 
 
386 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.22 
 
 
388 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.1 
 
 
386 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  44.96 
 
 
388 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.25 
 
 
386 aa  285  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  43.57 
 
 
389 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.62 
 
 
388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  44.62 
 
 
388 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.67 
 
 
384 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.58 
 
 
398 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.87 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.74 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.64 
 
 
398 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.64 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.64 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.64 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.64 
 
 
398 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.27 
 
 
373 aa  113  6e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.01 
 
 
398 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.21 
 
 
396 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 
375 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.13 
 
 
377 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 
375 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
381 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.93 
 
 
378 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.38 
 
 
367 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  30.34 
 
 
359 aa  102  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.94 
 
 
374 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.56 
 
 
378 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.58 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
385 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
421 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.61 
 
 
378 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.69 
 
 
369 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.31 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.08 
 
 
370 aa  94.7  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
381 aa  94  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.89 
 
 
383 aa  92.8  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.24 
 
 
369 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.14 
 
 
362 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.53 
 
 
376 aa  89.7  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 
369 aa  89.4  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  29.81 
 
 
383 aa  88.2  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.62 
 
 
389 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.54 
 
 
388 aa  87  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  33.2 
 
 
382 aa  86.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.93 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.46 
 
 
387 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.05 
 
 
379 aa  84  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.97 
 
 
404 aa  82.8  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.66 
 
 
369 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 
389 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  28.39 
 
 
402 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  34.44 
 
 
361 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.16 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.23 
 
 
351 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.16 
 
 
405 aa  79.7  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.3 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.47 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3214  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.47 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.843392 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2215  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.04 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.133795  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.57 
 
 
389 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4176  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.65 
 
 
376 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.69 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.76 
 
 
403 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.58 
 
 
398 aa  75.1  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 
403 aa  74.7  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>