More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5473 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
389 aa  793    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  56.56 
 
 
389 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  52.58 
 
 
388 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  52.76 
 
 
388 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.98 
 
 
389 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.85 
 
 
388 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.26 
 
 
387 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  50.26 
 
 
387 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.13 
 
 
388 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.3 
 
 
389 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.1 
 
 
388 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  47.04 
 
 
389 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.79 
 
 
389 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  48.2 
 
 
387 aa  376  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.31 
 
 
388 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.48 
 
 
387 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.68 
 
 
387 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.72 
 
 
387 aa  374  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.8 
 
 
388 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  46.8 
 
 
388 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  48.15 
 
 
379 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.46 
 
 
387 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.15 
 
 
388 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.8 
 
 
388 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.91 
 
 
387 aa  364  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.55 
 
 
388 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.52 
 
 
388 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.29 
 
 
388 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.27 
 
 
388 aa  342  5e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.02 
 
 
388 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.28 
 
 
386 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.95 
 
 
386 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.32 
 
 
388 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.32 
 
 
388 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  40.52 
 
 
389 aa  255  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.6 
 
 
386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  40.05 
 
 
388 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.37 
 
 
384 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.04 
 
 
375 aa  92.4  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
375 aa  92.4  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.2 
 
 
390 aa  90.9  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.32 
 
 
373 aa  89  1e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
396 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.12 
 
 
396 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.53 
 
 
398 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.53 
 
 
398 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.53 
 
 
398 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.53 
 
 
398 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.78 
 
 
396 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.54 
 
 
378 aa  87.8  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.47 
 
 
421 aa  86.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.22 
 
 
385 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.59 
 
 
398 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.22 
 
 
381 aa  84  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
398 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.75 
 
 
377 aa  81.3  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.52 
 
 
381 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.02 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.87 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.18 
 
 
362 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.1 
 
 
378 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  28.92 
 
 
359 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.97 
 
 
366 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.11 
 
 
379 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  27.7 
 
 
382 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  30.88 
 
 
361 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.39 
 
 
383 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.14 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.11 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.41 
 
 
400 aa  73.2  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.65 
 
 
380 aa  73.2  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.2 
 
 
378 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.34 
 
 
380 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2719  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.93 
 
 
362 aa  72  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.73 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.37 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.39 
 
 
374 aa  71.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  29.41 
 
 
431 aa  70.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.08 
 
 
389 aa  70.9  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
384 aa  69.7  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  27.86 
 
 
439 aa  69.3  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.27 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.23 
 
 
379 aa  68.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.26 
 
 
435 aa  68.9  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.62 
 
 
367 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.68 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.73 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.17 
 
 
377 aa  67  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.67 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.9 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.94 
 
 
453 aa  66.6  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.72 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
437 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.75 
 
 
370 aa  66.2  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.48 
 
 
366 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.12 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>