More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6032 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
395 aa  802    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3592  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.96 
 
 
389 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2088  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3945  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.49 
 
 
388 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.213455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.39 
 
 
370 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.84 
 
 
378 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.47 
 
 
378 aa  157  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.77 
 
 
390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.77 
 
 
390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.66 
 
 
368 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
390 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
390 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
390 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.43 
 
 
387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.99 
 
 
403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.46 
 
 
410 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.1 
 
 
390 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.71 
 
 
389 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
384 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 
390 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.93 
 
 
381 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.7 
 
 
382 aa  149  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31 
 
 
403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.61 
 
 
384 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.78 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.4 
 
 
377 aa  147  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.29 
 
 
389 aa  146  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.53 
 
 
373 aa  145  2e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 
423 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.23 
 
 
401 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.1 
 
 
390 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  31.01 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  30.9 
 
 
382 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.23 
 
 
388 aa  143  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.33 
 
 
382 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.44 
 
 
390 aa  143  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.14 
 
 
387 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.86 
 
 
400 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  32.68 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  31.01 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.52 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  30.43 
 
 
382 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  31.7 
 
 
382 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  30.43 
 
 
382 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  30.43 
 
 
382 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
381 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  30.32 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
411 aa  139  6e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  29.97 
 
 
382 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.57 
 
 
389 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  33.01 
 
 
391 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.34 
 
 
382 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.74 
 
 
382 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.15 
 
 
398 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.1 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  29.45 
 
 
401 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
382 aa  136  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  30.03 
 
 
382 aa  136  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0120  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.58 
 
 
377 aa  136  8e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.102708  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  30.26 
 
 
382 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  29.23 
 
 
382 aa  135  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  29.11 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  32.65 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  29.68 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  30.06 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 
391 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  30.84 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
395 aa  134  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.68 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.11 
 
 
382 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  30.17 
 
 
382 aa  133  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  29.78 
 
 
382 aa  133  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  29.11 
 
 
382 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
393 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.29 
 
 
384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  29.5 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  27.69 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  27.69 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  31.87 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  28.01 
 
 
381 aa  131  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.82 
 
 
398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  31.4 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  29.49 
 
 
382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  26.29 
 
 
393 aa  130  5.0000000000000004e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  31.21 
 
 
381 aa  130  6e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.3 
 
 
388 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  29.21 
 
 
382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>