More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2990 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  82.98 
 
 		 382 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  83.25 
 
 		 382 aa  668    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  93.72 
 
 		 382 aa  723    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  100 
 
 		 382 aa  780    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  83.51 
 
 		 382 aa  674    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  99.74 
 
 		 382 aa  779    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  83.77 
 
 		 382 aa  676    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  82.98 
 
 		 382 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  83.77 
 
 		 382 aa  657    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  80.89 
 
 		 382 aa  639    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  82.98 
 
 		 382 aa  669    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  79.58 
 
 		 382 aa  623  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  75.39 
 
 		 382 aa  585  1e-166  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  75.92 
 
 		 382 aa  583  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  66.49 
 
 		 382 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  66.75 
 
 		 382 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  66.49 
 
 		 382 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  64.92 
 
 		 382 aa  521  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  65.18 
 
 		 502 aa  522  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 382 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 382 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 382 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  64.92 
 
 		 382 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  64.92 
 
 		 382 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 382 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  63.87 
 
 		 382 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  63.87 
 
 		 382 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  63.87 
 
 		 382 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  64.14 
 
 		 382 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  64.14 
 
 		 382 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  63.87 
 
 		 382 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  63.61 
 
 		 382 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  64.14 
 
 		 382 aa  511  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  63.87 
 
 		 382 aa  509  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  62.83 
 
 		 382 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 382 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  64.66 
 
 		 401 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  62.76 
 
 		 382 aa  504  1e-141  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  64.4 
 
 		 382 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  62.04 
 
 		 382 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.99 
 
 		 382 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.69 
 
 		 384 aa  489  1e-137  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  59.69 
 
 		 384 aa  486  1e-136  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  61.52 
 
 		 382 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  62.83 
 
 		 382 aa  481  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.79 
 
 		 400 aa  473  1e-132  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  62.3 
 
 		 382 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  56.92 
 
 		 382 aa  450  1e-125  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  53.66 
 
 		 381 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.4 
 
 		 382 aa  432  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  53.66 
 
 		 378 aa  426  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.66 
 
 		 381 aa  420  1e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  53.4 
 
 		 381 aa  421  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.05 
 
 		 382 aa  420  1e-116  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.79 
 
 		 381 aa  417  9.999999999999999e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  54.19 
 
 		 381 aa  412  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  54.71 
 
 		 381 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.4 
 
 		 381 aa  409  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  47.77 
 
 		 381 aa  367  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  47.92 
 
 		 438 aa  352  5e-96  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.15 
 
 		 388 aa  332  6e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.48 
 
 		 415 aa  322  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.67 
 
 		 391 aa  313  2.9999999999999996e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0120  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.09 
 
 		 377 aa  312  6.999999999999999e-84  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.102708  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  43.26 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.72 
 
 		 388 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.4 
 
 		 388 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.4 
 
 		 392 aa  236  4e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.8 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.8 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.41 
 
 		 387 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.57 
 
 		 398 aa  215  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  37.36 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.54 
 
 		 403 aa  212  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.03 
 
 		 403 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 		 387 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.01 
 
 		 395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.66 
 
 		 403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.25 
 
 		 387 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.95 
 
 		 403 aa  193  4e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.72 
 
 		 404 aa  193  5e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 		 406 aa  192  8e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.31 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.5 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  34.52 
 
 		 375 aa  190  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.5 
 
 		 405 aa  190  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5183  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.74 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00282552  normal  0.155214 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5452  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.74 
 
 		 395 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168322  normal  0.041032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.49 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.23 
 
 		 404 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.88 
 
 		 404 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.37 
 
 		 405 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.589725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>