More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3945 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_3945  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  751    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.213455 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.49 
 
 
395 aa  193  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3592  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 
389 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2088  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.64 
 
 
381 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.95 
 
 
382 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.01 
 
 
378 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.43 
 
 
391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
377 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.28 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.97 
 
 
373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.85 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.58 
 
 
384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.75 
 
 
425 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.68 
 
 
428 aa  129  8.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.4 
 
 
412 aa  129  9.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.68 
 
 
412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.87 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.83 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.87 
 
 
382 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.49 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.37 
 
 
415 aa  127  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  34.07 
 
 
382 aa  126  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  32.58 
 
 
382 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  32.58 
 
 
382 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  32.58 
 
 
382 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  32.58 
 
 
382 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  33.33 
 
 
382 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
382 aa  125  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  32.12 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  32.58 
 
 
382 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.75 
 
 
389 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  32.39 
 
 
378 aa  123  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.91 
 
 
387 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  32.44 
 
 
382 aa  123  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.75 
 
 
400 aa  123  7e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.52 
 
 
382 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.37 
 
 
388 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.82 
 
 
412 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  32.1 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  31.94 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.11 
 
 
409 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  33.62 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.02 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.02 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.02 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  30.75 
 
 
382 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  30.75 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  30.75 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.75 
 
 
368 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.68 
 
 
382 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  31.38 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
502 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.4 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.54 
 
 
417 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  30.36 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  32.5 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  31.37 
 
 
382 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.75 
 
 
382 aa  117  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.17 
 
 
381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  33.24 
 
 
382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.53 
 
 
389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.2 
 
 
384 aa  116  6e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.41 
 
 
372 aa  116  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.75 
 
 
400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.82 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.01 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.73 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  32.03 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.61 
 
 
382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.94 
 
 
376 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  33.06 
 
 
382 aa  113  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
390 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  32.68 
 
 
382 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  28.39 
 
 
393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  28.07 
 
 
381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
382 aa  111  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  30.34 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  31.55 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  30.34 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  30.34 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  30.99 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.97 
 
 
386 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.37 
 
 
388 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  29.28 
 
 
382 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.3 
 
 
390 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
395 aa  109  8.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.06 
 
 
387 aa  109  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>