More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4358 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
386 aa  793    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8006  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.07 
 
 
386 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.848631  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  41.28 
 
 
394 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  40.51 
 
 
396 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  40.21 
 
 
391 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  41.56 
 
 
391 aa  285  7e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  40 
 
 
396 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  40 
 
 
396 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4225  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  39.75 
 
 
396 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.62 
 
 
388 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  38.67 
 
 
400 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  38.67 
 
 
400 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2617  mandelate racemase  38.92 
 
 
400 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588885  normal  0.211139 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7855  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.78 
 
 
396 aa  259  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2458  mandelate racemase  38.67 
 
 
400 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0484555  normal  0.111686 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2513  mandelate racemase  38.67 
 
 
400 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.440237  normal  0.0724209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2380  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  38.92 
 
 
400 aa  255  9e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162609  normal  0.98097 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.31 
 
 
390 aa  243  3e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.36 
 
 
388 aa  236  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.88 
 
 
398 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.17 
 
 
387 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.68 
 
 
381 aa  226  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  36.34 
 
 
375 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.32 
 
 
391 aa  223  6e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  38.2 
 
 
381 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.2 
 
 
382 aa  219  7e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  36.68 
 
 
382 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.96 
 
 
388 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  36.11 
 
 
384 aa  217  2e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.54 
 
 
415 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.43 
 
 
388 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  39.42 
 
 
381 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.39 
 
 
384 aa  215  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.77 
 
 
382 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.13 
 
 
423 aa  210  4e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0954  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  34.25 
 
 
390 aa  209  8e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000745155  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.46 
 
 
395 aa  209  8e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  36.57 
 
 
382 aa  208  2e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  36.94 
 
 
382 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  35.96 
 
 
382 aa  207  3e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.19 
 
 
388 aa  206  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.07 
 
 
425 aa  206  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  37.17 
 
 
401 aa  206  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.38 
 
 
411 aa  205  8e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  37.17 
 
 
382 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.24 
 
 
382 aa  205  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.07 
 
 
393 aa  202  8e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.53 
 
 
392 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  35.17 
 
 
378 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  37.01 
 
 
382 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.57 
 
 
400 aa  199  7.999999999999999e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  36.75 
 
 
382 aa  199  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  34.92 
 
 
382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.02 
 
 
393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  34.57 
 
 
382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.44 
 
 
395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  35.19 
 
 
382 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  34.04 
 
 
382 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  35.71 
 
 
382 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.25 
 
 
410 aa  196  8.000000000000001e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  34.66 
 
 
382 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  35.7 
 
 
382 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.79 
 
 
417 aa  195  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.76 
 
 
393 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  35.43 
 
 
382 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  35.43 
 
 
382 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  35.19 
 
 
382 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  35.17 
 
 
382 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  39.82 
 
 
438 aa  192  7e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  35.17 
 
 
382 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.33 
 
 
398 aa  192  8e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  35.17 
 
 
382 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.68 
 
 
412 aa  192  1e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  37.5 
 
 
382 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  34.91 
 
 
382 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.91 
 
 
405 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.589725 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.74 
 
 
387 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.76 
 
 
406 aa  189  5.999999999999999e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  31.56 
 
 
393 aa  188  1e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  34.91 
 
 
381 aa  188  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  35.19 
 
 
502 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.41 
 
 
412 aa  187  3e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  34.03 
 
 
382 aa  187  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.07 
 
 
403 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.07 
 
 
381 aa  187  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  37.61 
 
 
382 aa  186  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  35.09 
 
 
381 aa  186  5e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.07 
 
 
405 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  34.66 
 
 
382 aa  186  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  34.66 
 
 
382 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.58 
 
 
403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  34.66 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  33.68 
 
 
382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  34.39 
 
 
382 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  34.39 
 
 
382 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>