More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0951 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  88.74 
 
 		 382 aa  707    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  88.74 
 
 		 401 aa  706    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  87.96 
 
 		 382 aa  703    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  100 
 
 		 382 aa  782    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  78.01 
 
 		 382 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  79.06 
 
 		 382 aa  634    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  77.49 
 
 		 382 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  81.41 
 
 		 382 aa  641    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  78.01 
 
 		 382 aa  632  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  77.49 
 
 		 382 aa  631  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  76.96 
 
 		 382 aa  628  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  77.75 
 
 		 382 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  77.75 
 
 		 382 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  77.49 
 
 		 382 aa  627  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  78.01 
 
 		 382 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  77.75 
 
 		 382 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  78.01 
 
 		 382 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  76.96 
 
 		 382 aa  627  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  80.37 
 
 		 382 aa  626  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  76.18 
 
 		 502 aa  618  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  75.65 
 
 		 382 aa  615  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  75.65 
 
 		 382 aa  615  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  75.39 
 
 		 382 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  75.65 
 
 		 382 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  75.39 
 
 		 382 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  75.39 
 
 		 382 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  75.39 
 
 		 382 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  76.18 
 
 		 382 aa  610  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  71.2 
 
 		 382 aa  585  1e-166  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  73.3 
 
 		 382 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.54 
 
 		 382 aa  556  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.66 
 
 		 384 aa  522  1e-147  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  64.92 
 
 		 384 aa  524  1e-147  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  63.09 
 
 		 382 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  62.14 
 
 		 382 aa  491  9.999999999999999e-139  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.94 
 
 		 400 aa  490  1e-137  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  486  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  485  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  63.35 
 
 		 382 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  60.73 
 
 		 381 aa  483  1e-135  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  60.99 
 
 		 382 aa  478  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  60.47 
 
 		 382 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  60.47 
 
 		 382 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  60.47 
 
 		 382 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  58.64 
 
 		 378 aa  471  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.38 
 
 		 382 aa  471  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  60.47 
 
 		 382 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  61.26 
 
 		 382 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  58.38 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.01 
 
 		 382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  58.64 
 
 		 381 aa  449  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  57.85 
 
 		 381 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  58.9 
 
 		 382 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.93 
 
 		 381 aa  444  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.76 
 
 		 381 aa  429  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  52.09 
 
 		 381 aa  409  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.83 
 
 		 381 aa  411  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  49.61 
 
 		 381 aa  375  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  51.04 
 
 		 438 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.63 
 
 		 415 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.63 
 
 		 388 aa  334  2e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.45 
 
 		 391 aa  333  4e-90  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  45.05 
 
 		 382 aa  329  4e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0120  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.07 
 
 		 377 aa  322  6e-87  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.102708  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.72 
 
 		 388 aa  262  6e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.49 
 
 		 398 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.1 
 
 		 388 aa  249  4e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.95 
 
 		 392 aa  243  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.14 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  37.33 
 
 		 385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  36.27 
 
 		 375 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.18 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.44 
 
 		 387 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  35.42 
 
 		 402 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  35.42 
 
 		 402 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  35.42 
 
 		 402 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.77 
 
 		 393 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.58 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.77 
 
 		 393 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.51 
 
 		 390 aa  203  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.5 
 
 		 386 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.03 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  34.94 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  34.94 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  34.94 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  34.94 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.8 
 
 		 403 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.46 
 
 		 402 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.22 
 
 		 402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  33.16 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.9 
 
 		 403 aa  196  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>