More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5866 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 389 aa  792    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.14 
 
 		 389 aa  719    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.22 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.75 
 
 		 377 aa  208  1e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.62 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.1 
 
 		 370 aa  200  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.08 
 
 		 382 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.19 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.05 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.25 
 
 		 378 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  33.7 
 
 		 382 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.97 
 
 		 384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.81 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.59 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.07 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  34.33 
 
 		 384 aa  184  3e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 		 425 aa  184  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.74 
 
 		 373 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  32.8 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  34.46 
 
 		 382 aa  179  4.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  35.28 
 
 		 391 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 		 390 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  34.99 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.2 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  32.9 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  32.9 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.89 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.25 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  32.24 
 
 		 382 aa  176  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.06 
 
 		 400 aa  176  9e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.87 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  34.72 
 
 		 391 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  31.59 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.78 
 
 		 401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  32.68 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.79 
 
 		 403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.91 
 
 		 387 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.72 
 
 		 403 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 		 390 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.43 
 
 		 390 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.43 
 
 		 390 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 		 390 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.17 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.04 
 
 		 377 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  32.36 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  32.89 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.35 
 
 		 388 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.87 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  32.79 
 
 		 382 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.84 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  33.33 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  32.74 
 
 		 401 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  33.07 
 
 		 382 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.71 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.7 
 
 		 409 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  33.78 
 
 		 382 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  33.16 
 
 		 382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 		 381 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  33.33 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  31.99 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.83 
 
 		 370 aa  163  6e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.71 
 
 		 387 aa  162  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  29.54 
 
 		 378 aa  162  9e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  32.97 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  32.78 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  32.98 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  31.55 
 
 		 502 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.44 
 
 		 400 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 		 374 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  33.88 
 
 		 382 aa  159  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  32.71 
 
 		 382 aa  159  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.49 
 
 		 391 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.9 
 
 		 392 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  33.16 
 
 		 362 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  32.43 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.01 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.01 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.07 
 
 		 398 aa  157  2e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  32.88 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.62 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  31.22 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.92 
 
 		 379 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  32.25 
 
 		 382 aa  156  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.08 
 
 		 381 aa  156  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.75 
 
 		 382 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 		 382 aa  155  8e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.75 
 
 		 382 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>