More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3673 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 		 410 aa  844    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1665  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.4 
 
 		 406 aa  566  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0687285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.4 
 
 		 405 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.589725 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.75 
 
 		 405 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2909  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.5 
 
 		 415 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.66 
 
 		 387 aa  220  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.01 
 
 		 395 aa  220  3.9999999999999997e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.33 
 
 		 390 aa  219  7e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.04 
 
 		 400 aa  216  7e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.98 
 
 		 388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.05 
 
 		 391 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  34.99 
 
 		 382 aa  210  4e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  32.35 
 
 		 384 aa  204  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.69 
 
 		 384 aa  204  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.63 
 
 		 388 aa  203  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.72 
 
 		 393 aa  202  9.999999999999999e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  32.97 
 
 		 381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 		 381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  35.64 
 
 		 381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.37 
 
 		 392 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  33.68 
 
 		 381 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.43 
 
 		 406 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.97 
 
 		 398 aa  192  6e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.41 
 
 		 398 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.6 
 
 		 382 aa  189  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  32.04 
 
 		 382 aa  189  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.62 
 
 		 382 aa  189  1e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.7 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  31.17 
 
 		 393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.54 
 
 		 394 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.25 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.51 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.8 
 
 		 381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.07 
 
 		 391 aa  183  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.05 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  32.29 
 
 		 502 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.58 
 
 		 388 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.51 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.77 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.45 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.52 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.95 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.88 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.52 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.69 
 
 		 382 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.53 
 
 		 417 aa  180  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  31.93 
 
 		 382 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.86 
 
 		 403 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 		 388 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.27 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  31.27 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.59 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.57 
 
 		 405 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  31.66 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.54 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  31.27 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.27 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.57 
 
 		 412 aa  177  2e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  32.55 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  32.7 
 
 		 382 aa  178  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  31.56 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  31.56 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  31.36 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.42 
 
 		 386 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.59 
 
 		 403 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0935  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 		 395 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.152576  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.23 
 
 		 412 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0120  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.78 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.102708  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.38 
 
 		 410 aa  173  5.999999999999999e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  32.61 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  33.15 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  33.15 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  33.15 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.98 
 
 		 388 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  32.04 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5183  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.94 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00282552  normal  0.155214 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.55 
 
 		 409 aa  170  3e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  32.23 
 
 		 382 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.59 
 
 		 412 aa  170  5e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3341  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 		 399 aa  170  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2513  mandelate racemase  31.83 
 
 		 400 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.440237  normal  0.0724209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2380  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.91 
 
 		 400 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162609  normal  0.98097 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2617  mandelate racemase  31.83 
 
 		 400 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588885  normal  0.211139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2458  mandelate racemase  31.83 
 
 		 400 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0484555  normal  0.111686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  33.43 
 
 		 382 aa  169  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.52 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  33.51 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  31.68 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  32.23 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 		 423 aa  168  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  31.68 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.53 
 
 		 373 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>